| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,628 | Δ1 bp | 7.8% | intergenic (+254/‑248) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,628 | 0 | A | . | 7.8% | 170.9 / 8.8 | 51 | intergenic (+254/‑248) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/20); new base . (2/2); total (29/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
TATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTT > USA300TCH1516_ALE/631488‑631765 | tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTa < 2:330018/141‑1 (MQ=255) tGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACa < 2:265079/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATg > 2:161114/1‑141 (MQ=255) tttttAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑aa < 2:228213/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |