New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_012417 | 1947 = | 798 (0.830) | 14 (0.020) | 9/244 | NT | 2.0% | intergenic (+180/+146) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2073 = | 637 (0.710) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AGATACTATTTATTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAGTTAAGGGTTCTTCTCAACATCAATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2094‑1947 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaataaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT > NC_012417/2073‑2212 AGATACTATTTATTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAGTTAAGGGTTCTTCTCAACAT < 1:768051/141‑1 AGATACTATTTATTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAGTTAAGGGTTCTTCTCAACAT < 1:239631/141‑1 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ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTA < 1:267841/141‑1 ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTA > 1:80556/1‑141 ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTA < 1:465375/141‑1 ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTA > 1:736839/1‑141 ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCACAGTAGCCGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTA < 1:666543/141‑1 TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAA > 1:155296/1‑141 TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAA > 1:712404/1‑141 AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG < 1:575201/141‑1 AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG < 1:379251/141‑1 AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG > 2:250942/1‑141 AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG > 1:587225/1‑141 AAAGCAATGGGAATAAATAGGATCGAAAGTACCCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG < 1:210547/141‑1 AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGT < 2:36474/141‑1 AAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGT > 1:637726/1‑141 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 2:194068/141‑1 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:686103/141‑1 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:606392/141‑1 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:617594/141‑1 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:28065/141‑1 AGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:706349/141‑1 AGATACTATTTATTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACATTCGTCTGCAAGTTTAGTTAAGGGTTCTTCTCAACATCAATAAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2094‑1947 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcaataaaGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT > NC_012417/2073‑2212 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |