| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2080726 = | 47 (1.020) | 4 (0.100) | 4/234 | NT | 9.0% | intergenic (‑194/‑347) | USA300HOU_RS10505/aspC | hypothetical protein/Aspartate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2080759 = | 39 (0.940) | intergenic (‑227/‑314) | USA300HOU_RS10505/aspC | hypothetical protein/Aspartate aminotransferase | |||||
ATTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCCTTCTTGCCACC > USA300TCH1516_ALE/2080587‑2080866 | ttagtcgaacggaggtgtggtgtaatgatgtggtggcaagaagggatgatgacacttattacaggtggcttactaattatttttcgactttggttagaactgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaataa < 1:427588‑M1/2‑1 (MQ=255)ttagtcgaacggaggtgtagtgtaatgatgtggtggcaagaagggatgatgacacttattacaggtggcttactaattatttttcgactttggttagaactgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaataa < 2:84982‑M1/2‑1 (MQ=255)ttagtcgaacggaggtgtagtgtaatgatgtggtggcaagaagggatgatgacacttattacaggtggcttactaattatttttcgactttggttagaactgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaataa < 1:55629‑M1/2‑1 (MQ=255)aTTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACaa < 1:81170/141‑1 (MQ=255)aTTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACaa > 1:544797/1‑141 (MQ=255) ttGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAc < 1:328924/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAcc < 1:771387/141‑1 (MQ=255) tcgaacggaggtgtagtgtaatgatgtggtggcaagaagagatgatgacacttattacaggtggcttactaattatattacgacattggttagaaatgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaatAAcccc < 1:25870‑M1/6‑1 (MQ=255) tttCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCaa > 1:441317/1‑141 (MQ=255) ttgcAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCaa < 1:593752/138‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGt > 1:102936/1‑141 (MQ=255) acggaggtgtagtgtaatgatgtggtggcaagaagggatgatgacacttattacaggtggcttactaattatttttcgactttggttagaactgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaatAACCCCAAGt < 2:14312‑M1/10‑1 (MQ=255) ggaggtgtagtgtaatgatgtggtggcaagaagggatgatgacacttattacaggtggcttactaattatttttcgactttggttagaactgaaatggaaaaataaaaaatgatcctacacacataaatAACCCCAAGTCt > 1:162110‑M1/130‑141 (MQ=255) aaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGAGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTgg > 1:766879/1‑141 (MQ=255) aGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGt > 1:92010/1‑141 (MQ=255) 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2:216456/1‑141 (MQ=255) aTCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTgg < 1:516077/141‑1 (MQ=255) cACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTG‑ATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGt > 2:118409/1‑141 (MQ=255) aCTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGt < 1:76858/141‑1 (MQ=255) aaaTAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTAtgtgt > 1:178170/1‑141 (MQ=255) aaaTAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTAtgtgt > 1:226284/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCAtttt < 1:139806/141‑1 (MQ=255) aTTCAATCAAAATGATGATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTAtt < 1:281261/141‑1 (MQ=255) atcaaAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTcc > 1:347979/1‑141 (MQ=255) atcaaAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTcc < 1:334993/141‑1 (MQ=255) aaaTGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCACCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCAttt < 1:657804/141‑1 (MQ=255) gATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGt > 1:772557/1‑141 (MQ=255) ttattGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTc > 1:336904/1‑141 (MQ=255) gCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAg < 1:109347/141‑1 (MQ=255) gCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTAGCCACGGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAg > 1:21525/1‑141 (MQ=255) atatatTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCg < 1:51473/141‑1 (MQ=255) tatatTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGa < 1:364002/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) attTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCt < 1:196372/141‑1 (MQ=255) attTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCt > 1:325508/1‑141 (MQ=255) aaGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaa < 1:340403/141‑1 (MQ=255) aGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaat > 1:155160/1‑141 (MQ=255) aGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaat > 2:60134/1‑141 (MQ=255) gtATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAg > 1:710744/1‑141 (MQ=255) aatgatcctacacacataaatAACCCCAAAGCCGCCGTTACCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATNTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCNAACCAAAGACGAAAAATAATTAGTAAGCCACctgnaataatag < 2:175666‑M1/120‑4 (MQ=255) atcctacacacataaatAACCCCAAGTCTGCTGGTACCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGtcat < 1:619380‑M1/124‑1 (MQ=255) aTTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATcc < 1:535854/141‑1 (MQ=255) ttATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATccc > 1:250892/1‑141 (MQ=255) ttATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCGAAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATccc < 1:524801/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |