| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2713224 | 51 (1.100) | 3 (0.070) | 3/242 | NT | 5.6% | intergenic (‑322/+286) | isaA/USA300HOU_RS13945 | putative transglycosylase IsaA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2713244 | 53 (1.230) | intergenic (‑342/+266) | isaA/USA300HOU_RS13945 | putative transglycosylase IsaA/hypothetical protein | |||||
GTAATGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTCAAAGTT > USA300TCH1516_ALE/2713085‑2713364 | gTAATGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGa < 1:211553/141‑1 (MQ=255) tAATGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGAt < 1:643810/141‑1 (MQ=255) aaTGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGAtt < 2:35829/141‑1 (MQ=255) aTGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTg > 1:548171/1‑141 (MQ=255) aTGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTg < 2:183936/141‑1 (MQ=255) tGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGt < 1:478432/141‑1 (MQ=255) aaTATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTAttttt < 1:131372/141‑1 (MQ=255) aaTATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTAttttt < 2:289997/141‑1 (MQ=255) ttttATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGc > 1:361692‑M2/1‑140 (MQ=255) ataCTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgta < 1:168443‑M2/141‑6 (MQ=255) aCTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGctatgtaacaaaaatacaatctgtaat < 1:562104‑M1/141‑28 (MQ=255) gtgAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAGTAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGa > 1:21413/1‑141 (MQ=255) gAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACa < 1:250376/141‑1 (MQ=255) aaaTATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACAt > 1:661676/1‑141 (MQ=255) aaaTATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACAt > 2:176838/1‑141 (MQ=255) tatGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTa < 1:675525/141‑1 (MQ=255) atGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTaa > 1:651391/1‑141 (MQ=255) tgtgCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAAc > 1:228291/1‑141 (MQ=255) gtgCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACt > 2:94529/1‑141 (MQ=255) gCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtc > 1:507991/1‑141 (MQ=255) gCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtc < 1:309513/141‑1 (MQ=255) cccTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTtct < 1:264198/141‑1 (MQ=255) tttAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCtt < 1:779846/141‑1 (MQ=255) aGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTAtt > 1:171591/1‑141 (MQ=255) tCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCg > 1:716283/1‑141 (MQ=255) tCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCg < 1:707916/141‑1 (MQ=255) cAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTa > 1:372378/1‑141 (MQ=255) tCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACAt < 1:211551/141‑1 (MQ=255) aaCCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTa > 1:262273/1‑141 (MQ=255) ccTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAAc < 1:708682/141‑1 (MQ=255) ttGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGc > 1:724100/1‑141 (MQ=255) ttGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGc < 2:308525/141‑1 (MQ=255) tGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCa > 1:128280/1‑141 (MQ=255) tGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTATCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagatgagctaaatatagtaaaaatct < 1:226234‑M2/141‑51 (MQ=255) gAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCaa > 1:500874/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTCTTTAACACATTAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGctatgtaacaaaaatacaatctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatctta < 1:261190‑M1/141‑73 (MQ=255) aaTAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATCTCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAAtt > 1:601280/1‑141 (MQ=255) tAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTATCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaa < 1:478496/141‑1 (MQ=255) aGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaa > 2:104806/1‑141 (MQ=255) gTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaa > 1:432334/1‑141 (MQ=255) tCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTGAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaaa < 1:727970/141‑1 (MQ=255) tCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaaa < 2:95798/141‑1 (MQ=255) tCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTaaaaa < 1:541156/141‑1 (MQ=255) tttAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGc < 2:92520/141‑1 (MQ=255) tAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCaa < 2:310434/141‑1 (MQ=255) aaCACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAAt > 1:203886/1‑141 (MQ=255) acaTAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATcaa < 1:134006/141‑1 (MQ=255) tAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatctaatgtgttaaagactattt < 1:261190‑M2/141‑70 (MQ=255) aGATTTTTACTATATTTAGCTCATCTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGctatgtaacaaaaatacaatctgtaatattacgatagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatcttatgtgttaaagactatttca < 1:226234‑M1/141‑92 (MQ=255) aTTTTTACTATATTTAGCGCAACTAGTACTACTGTCTGATTATCACATAGTGGTTGGTTTTTACAGATCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAatat < 2:282187/141‑1 (MQ=255) tttAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACAt < 1:204395/141‑1 (MQ=255) tttAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACAt > 1:258716/1‑141 (MQ=255) tAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGt < 2:284970/141‑1 (MQ=255) cTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTatt > 1:502604/1‑141 (MQ=255) tCAACTATTACAGCTTTCATAATATTACAGATGGTATTTTTGTTACATAGCTGCAACTTTTCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTattg < 1:173762/141‑1 (MQ=255) aCTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTattgatt < 1:596719/141‑1 (MQ=255) cTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTattgattg < 1:561839/141‑1 (MQ=255) aTTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCACTTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCt > 1:594672/1‑141 (MQ=255) aTTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCt < 1:395740/141‑1 (MQ=255) aCAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCtatt > 1:328526/1‑141 (MQ=255) cTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTAttg < 1:301727/141‑1 (MQ=255) cGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATtgttgt < 1:82090/141‑1 (MQ=255) cGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATtgttgt < 1:636048/141‑1 (MQ=255) atTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatcttatgtgttaaagactatttcaagggttgattggattctaaagggcacatatttcacattacagt < 1:562104‑M2/141‑115 (MQ=255) atTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTc > 1:319345/1‑141 (MQ=255) tACAGctatgtaacaaaaatacaatctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatcttatgtgttaaagactatttcaagggttgattggattctaaagggcacatatttcacattacagtat < 1:168443‑M1/141‑137 (MQ=255) aGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTCAAAGt < 1:503716/141‑1 (MQ=255) gctatgtaacaaaaatacaatctgtaatattacgaaagctgtaatagttgagctaaatatagtaaaaatcttatgtgttaaagactatttcaagggttgattggattctaaagggcacatatttcacattacagtataaaa > 1:361692‑M1/1‑1 (MQ=255) | GTAATGTTGAAATATGGCTGTTTTATACTGTAATGTGAAATATGTGCCCTTTAGAATCCAATCAACCCTTGAAATAGTCTTTAACACATAAGATTTTTACTATATTTAGCTCAACTATTACAGCTTTCGTAATATTACAGATTGTATTTTTGTTACATAGCTGTAATATATCTGACATGTAACTTCTCTTATTTTCGTACATTAAACGCAATTAAAAAGCAATCAACAAATATGTTTCTACACATGTATTGATTGCTATTATTGTTGTATATTCAAAGTT > USA300TCH1516_ALE/2713085‑2713364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |