Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | G→A | 80.4% | A208T (GCA→ACA) | efeM → | putative iron uptake system component EfeM |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 396,540 | 0 | G | A | 80.4% | 151.3 / 27.6 | 66 | A208T (GCA→ACA) | efeM | putative iron uptake system component EfeM |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/5); new base A (30/23); total (38/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > USA300TCH1516_ALE/396404‑396675 | aTTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACTAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGcacaca < 1:498790/141‑1 (MQ=255) aTTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAACTGAAGTTGCAACTTCTAAAATCTCAGGTGATGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGcacaca < 2:114214/141‑1 (MQ=255) aGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACaaaa < 1:9298/141‑1 (MQ=255) tCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAAttt < 1:519837/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAAcc < 2:93449/141‑1 (MQ=255) aCAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTAt > 1:721078/1‑141 (MQ=255) gTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTag < 2:290774/141‑1 (MQ=255) ttCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTaga < 1:154616/141‑1 (MQ=255) cTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAgaga > 2:113230/1‑141 (MQ=255) cTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAgaga > 1:559773/1‑141 (MQ=255) ttccgatcTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa < 1:75146/134‑1 (MQ=255) tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 2:271260/1‑141 (MQ=255) tGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaa > 1:162091/1‑141 (MQ=255) ttGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTGCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaa < 1:2073/141‑1 (MQ=255) gACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGaaaaaa > 1:584900/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAg > 2:170531/1‑141 (MQ=255) aGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAg > 2:276081/1‑141 (MQ=255) gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGt > 1:648653/1‑141 (MQ=255) gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGt > 2:118119/1‑141 (MQ=255) gTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGt > 1:132724/1‑141 (MQ=255) ttGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtg < 1:608387/141‑1 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTGACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AGAAAATTAAGtgatga > 1:652959/1‑141 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatga > 1:195281/1‑141 (MQ=255) aaCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGtgatga < 2:276786/141‑1 (MQ=255) aCTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTgatgat > 1:784644/1‑141 (MQ=255) cTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATcc > 1:564227/1‑141 (MQ=255) 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1:346994/1‑141 (MQ=255) gaagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAt > 1:391802/1‑141 (MQ=255) gaagaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGAt < 2:102515/141‑1 (MQ=255) gaagaaATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATaaa > 1:730198/1‑141 (MQ=255) tttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATc < 2:9775/141‑1 (MQ=255) ttATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCa > 2:110772/1‑141 (MQ=255) 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1:532007/141‑1 (MQ=255) tatGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATaaa > 1:703334/1‑141 (MQ=255) atGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAg > 1:20337/1‑141 (MQ=255) ttAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaaca < 2:45347/141‑1 (MQ=255) tAAAGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGGGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATaacaa < 1:649078/141‑1 (MQ=255) aGCGAACGTTGAAGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAAcgg > 2:175627/1‑141 (MQ=255) 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1:328232/1‑141 (MQ=255) aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt > 1:44404/1‑141 (MQ=255) aaGGCACACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGt < 1:752755/141‑1 (MQ=255) | ATTAGATATCATACCAAAATTAATGTTACAAGGTTCTGTTGACCTATTAAATGAAGTTGCAACTTCTAAAATCACAGGTGAAGAAGAAATTTATTCACATACAGATTTATATGATTTTAAAGCGAACGTTGAAGGCGCACAAAAAATTTATGACTTATTTAAACCTATTTTAGAGAAAAAAGAT‑AAAAAATTAAGTGATGATATCCAAATGAACTTCGATAAAGTGAATCAATTATTGGATAAATATAAAGATAACAACGGCGGTTATGAGT > USA300TCH1516_ALE/396404‑396675 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |