| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | G→A | 100% | R209* (CGA→TGA) | dck ← | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 607,884 | 0 | G | A | 88.8% | 121.8 / 5.3 | 43 | R209* (CGA→TGA) | dck | Deoxyadenosine/deoxycytidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/4); new base A (17/21); total (18/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
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(MQ=255) gTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTa > 1:450386/1‑141 (MQ=255) gTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATGCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTa < 1:207142/141‑1 (MQ=255) tCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTAt > 1:665320/1‑141 (MQ=255) ttttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTa > 2:74593/1‑141 (MQ=255) ttATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAAt < 1:379931/141‑1 (MQ=255) tCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCAAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCa > 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TATATGTGAATTAATGTATTCGATAGAATTGATAAAATAATCGATAATATCTATGGAATATACATTGAATATAAACATATACGCTATGTCTTTAGTCTTTTATCGTGTATCTACTTGTCGATATGTTTGAATAATTCGAGCAATTTTGTTTATCATAGGATTTAAAGATTCGGGGTCCTTATGGATATCATATTCATTAATATTGATACGTACAACTGGACATGCATTAAAGCTATTAATCCAATCGTCATAGCGTTTAAATAGCTTTTTCCAGTAT > USA300TCH1516_ALE/607747‑608023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |