| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,620 | T→C | 8.0% | intergenic (+246/‑256) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,620 | 0 | T | C | 8.0% | 154.6 / 4.3 | 50 | intergenic (+246/‑256) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/21); new base C (2/2); total (27/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
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1:302460/141‑1 (MQ=255) aaTGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTaa > 1:312547/1‑141 (MQ=255) aTGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAAt < 1:276034/141‑1 (MQ=255) cGATAGCACATAACTT‑CATGTAAGTGATATGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGa > 1:261818/1‑141 (MQ=37) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:89035/1‑141 (MQ=255) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:320153/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |