| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,623 | C→A | 7.7% | intergenic (+249/‑253) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,623 | 0 | C | A | 7.7% | 175.1 / 4.8 | 52 | intergenic (+249/‑253) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/21); new base A (2/2); total (29/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 | |||||||||||
ACATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAA > USA300TCH1516_ALE/631484‑631761 | aCATTATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCa > 1:392695/1‑141 (MQ=255) tATGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTa < 2:330018/141‑1 (MQ=255) tGAATTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACa < 2:265079/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTAAAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATg > 2:161114/1‑141 (MQ=255) 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1:617995/141‑1 (MQ=255) tAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGCATAAACAATTAAAAACGCTGTAGATAATGGCGATAGCATAACGCTTACATA‑AAGAAATGTGCTa > 1:357613/1‑141 (MQ=255) aaTGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTAt < 2:275371/141‑1 (MQ=255) aTGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATAGCGATAGCACATAACTT‑CATGTAAGTGATATGCTATc < 2:84043/141‑1 (MQ=37) tGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATAGCGATAGCACATAACTT‑CATGTAAGTGATATGCTATCg < 1:597899/141‑1 (MQ=37) gTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGc < 1:236795/141‑1 (MQ=255) 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1:312547/1‑141 (MQ=255) aTGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAAt < 1:276034/141‑1 (MQ=255) cGATAGCACATAACTT‑CATGTAAGTGATATGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGa > 1:261818/1‑141 (MQ=37) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:89035/1‑141 (MQ=255) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:320153/1‑141 (MQ=255) aTAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATa > 2:310625/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |