| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 631,637 | T→G | 8.7% | intergenic (+263/‑239) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 631,637 | 0 | T | G | 8.7% | 136.5 / 7.5 | 47 | intergenic (+263/‑239) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/19); new base G (2/2); total (26/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
AAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTTTTGAACAAA > USA300TCH1516_ALE/631500‑631774 | aaGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTAtg > 1:1192/1‑141 (MQ=255) agTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGc < 1:617995/141‑1 (MQ=255) tAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGCATAAACAATTAAAAACGCTGTAGATAATGGCGATAGCATAACGCTTACATA‑AAGAAATGTGCTa > 1:357613/1‑141 (MQ=255) aaTGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTAt < 2:275371/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTAttttt < 1:319188/141‑1 (MQ=255) tGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGtt > 1:649754/1‑141 (MQ=255) gATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGAAAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAATTGGTGCTAGCATATCACTACCATG‑AAGTTATGTGCTATCGCGATTTTTAGttt > 1:567767/1‑140 (MQ=255) aaTTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATaa < 1:743352/141‑1 (MQ=255) tttttacaaaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCaa > 2:117894/8‑141 (MQ=255) ttacaaaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCaaaaa > 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2:320153/1‑141 (MQ=255) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:89035/1‑141 (MQ=255) aTAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATa > 2:310625/1‑141 (MQ=255) tAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATaa < 1:520871/141‑1 (MQ=255) cATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGc < 1:204595/141‑1 (MQ=255) tatCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGa > 2:10362/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |