Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 631,640 | G→A | 8.7% | intergenic (+266/‑236) | gph_1 → / → proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 631,640 | 0 | G | A | 8.7% | 133.8 / 4.6 | 46 | intergenic (+266/‑236) | gph_1/proP | Phosphoglycolate phosphatase/Proline/betaine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/19); new base A (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
AAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTTTTGAACAAA > USA300TCH1516_ALE/631500‑631774 | aaGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTAtg > 1:1192/1‑141 (MQ=255) agTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGc < 1:617995/141‑1 (MQ=255) tAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGCATAAACAATTAAAAACGCTGTAGATAATGGCGATAGCATAACGCTTACATA‑AAGAAATGTGCTa > 1:357613/1‑141 (MQ=255) aaTGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTAt < 2:275371/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTAttttt < 1:319188/141‑1 (MQ=255) tGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGtt > 1:649754/1‑141 (MQ=255) gATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGAAAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAATTGGTGCTAGCATATCACTACCATG‑AAGTTATGTGCTATCGCGATTTTTAGttt > 1:567767/1‑140 (MQ=255) aaTTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATaa < 1:743352/141‑1 (MQ=255) tttttacaaaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCaa > 2:117894/8‑141 (MQ=255) ttacaaaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCaaaaa > 1:446441/5‑141 (MQ=255) gTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGt < 1:341645/141‑1 (MQ=255) acaaaaaTAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGt > 1:24792/3‑141 (MQ=255) tAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGtt > 1:294331/1‑141 (MQ=255) taaatTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGt > 2:236893/1‑141 (MQ=255) aaTGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGTGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTa > 2:131153/1‑141 (MQ=255) 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1:145062/141‑1 (MQ=255) ttAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGtat > 2:65158/1‑141 (MQ=255) ttAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGtat < 2:58103/141‑1 (MQ=255) aaaTACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATaa > 1:709729/1‑141 (MQ=255) aaTACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATaaa > 2:80608/1‑141 (MQ=255) aaaaaTAGCGATAGCACATAACTT‑CATGTAAGTGATATGCTATCGCCATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAAtt > 2:164727/2‑141 (MQ=21) 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2:320153/1‑141 (MQ=255) gATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGAt > 2:89035/1‑141 (MQ=255) aTAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATa > 2:310625/1‑141 (MQ=255) tAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATaa < 1:520871/141‑1 (MQ=255) cATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGc < 1:204595/141‑1 (MQ=255) tatCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGa > 2:10362/1‑141 (MQ=255) atCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGaa > 1:644689/1‑141 (MQ=255) cTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAAttt > 1:69764/1‑141 (MQ=255) aGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTTTTGaacaaa < 2:301170/141‑1 (MQ=255) aGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTTTTGaacaaa < 2:301189/141‑1 (MQ=255) | AAGAGTAATGTCTGACTCGTTGATAATTTATTTTTGTAAAAATAAATTAAAGTAATGACAAAGTTATTGAAGTAAATTGAGTATAAACATTTAAATACGATGTCGAAAATGGCGATAGCATATCACTTACATG‑AAGTTATGTGCTATCGCTATTTTTAGTTATAATTCCAAAAAGTTAATCGTTCGATGATTTAAGAATTATTATTGTTTAATTCAAATGTATGAGGGTATAAAATCATTGAATTTAATTCGATAAAGCGAAATTTTTGAACAAA > USA300TCH1516_ALE/631500‑631774 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |