Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP000731 | 12,017 | 0 | C | T | 5.4% | 334.8 / 5.9 | 104 | intergenic (+180/+43) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/44); new base T (4/2); total (58/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCATTAACTGAAACTACAGTAATAATACTCGTCAACAATATTAGTATAGTTAAAATAGAAAGACTTAGGACTGGCATAACCGAAC > CP000731/11878‑12157 | ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCg > 1:67253/1‑141 (MQ=255) ttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTa < 2:65073/141‑1 (MQ=255) tatataTCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTAc < 1:186631/141‑1 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTCAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGGAAAAAGCGTAAAAATTCGTACg > 2:278155/1‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |