| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | G→A | 100% | H104Y (CAC→TAC) | apt ← | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 90.9% | 138.9 / 4.2 | 47 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base A (21/21); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCA > USA300TCH1516_ALE/1744228‑1744498 | aattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGt < 1:610761/141‑1 (MQ=255)aattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGt > 1:269568/1‑141 (MQ=255) attATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGtt < 2:201943/141‑1 (MQ=255) ttATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTa > 2:133604/1‑141 (MQ=255) ttATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTa > 1:626373/1‑141 (MQ=255) taAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTaaaa < 1:372601/141‑1 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAAc < 2:97961/141‑1 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAAc < 1:486437/141‑1 (MQ=255) aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAAc < 1:30657/141‑1 (MQ=255) gCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACAttt > 1:698242/1‑141 (MQ=255) aaTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGt > 1:232689/1‑141 (MQ=255) acGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCt > 1:543787/1‑141 (MQ=255) tAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc < 2:224934/141‑1 (MQ=255) ttttCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATaa < 1:58041/141‑1 (MQ=255) tttCAACTAATTTTATTGCTGATTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAAc > 2:245197/1‑141 (MQ=255) aCTAATTTTATTGCTGCGTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAAGTAACACACGTTGACCGGAGTTAATGTCA‑TCGGTTGACATTTTTTAAAGAGTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAAtt > 1:394777/1‑140 (MQ=255) cTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTTCCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGa < 2:134568/141‑1 (MQ=255) tgctgcTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAgg < 1:480985/141‑1 (MQ=255) ctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 1:216095/141‑1 (MQ=255) cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 1:42460/141‑1 (MQ=255) caTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGNCATNCTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTccc < 1:634988/140‑1 (MQ=255) aaTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTccc < 1:93909/141‑1 (MQ=255) tCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATCAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCctt < 1:727895/141‑1 (MQ=255) cGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCcttc > 1:493787/1‑141 (MQ=255) tACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTCCCcttctt > 1:479722/1‑141 (MQ=255) accaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCt > 1:112575/1‑141 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTTAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCTCTTCTTTTCTa > 2:284844/1‑141 (MQ=255) ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTa < 1:526541/141‑1 (MQ=255) ataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACACATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCaa > 1:638847/1‑141 (MQ=255) atcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGcc < 2:99757/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGATCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 1:233495/141‑1 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAACCATTTGTACCATATTCTATGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGTTGCAAAGCCa > 1:267868/1‑141 (MQ=255) tcatcTGTAATTAACACACGTCGACCTCGTGTAATTCCACGCGTTGTTGGGT‑TTAAGATTGTGGGACCTGATGCTGGGGCTGACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCGTTTCTAACAGGTGCAAAGCCa < 1:705617/141‑1 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 1:444008/1‑141 (MQ=255) catcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGGTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTTACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCaa > 2:247447/1‑141 (MQ=255) atcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAAt > 1:605160/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 2:95253/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 2:210402/1‑141 (MQ=255) tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc > 2:95182/1‑141 (MQ=255) tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCa < 1:512654/141‑1 (MQ=255) ccTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGa > 2:214287/1‑141 (MQ=255) tGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa > 1:516073/1‑141 (MQ=255) gTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGc < 2:166348/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTGCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGc < 1:476459/141‑1 (MQ=255) gCA‑TCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCAAACAGGTGCAAAGCCAACCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATa > 2:78289/1‑141 (MQ=255) tCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAg > 1:462673/1‑141 (MQ=255) ttGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCa > 2:39454/1‑141 (MQ=255) | AATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCA‑TCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCA > USA300TCH1516_ALE/1744228‑1744498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |