New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | CP000731 | 1624 = | 366 (1.020) | intergenic (+409/‑447) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
CGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAA > CP000731/1479‑1771 | cGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCt > 1:731924/1‑148 (MQ=255) gaaaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCtt < 1:966506/146‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCtt > 1:334962/1‑148 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCtt < 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tGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTCCAGCTTTGTagg > 1:957717/1‑146 (MQ=255) cGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTTTCACGAAAGTGTGACACTACAGCTTTGGATGATATCACt > 1:515437/1‑148 (MQ=255) cGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACt > 1:810967/1‑148 (MQ=255) cAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAAt < 1:640041/148‑1 (MQ=255) aaaTTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATaa < 1:1194000/148‑1 (MQ=255) 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tgcttgatgtaGTGTCAAAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTa < 1:470357/142‑1 (MQ=255) tGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTTTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTa < 1:593569/148‑1 (MQ=255) tGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTa < 1:609575/148‑1 (MQ=255) tGCGGTATGGAGTGCCAAAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCCAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTa < 1:506851/148‑1 (MQ=18) tgtatgtaGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTagag < 1:1126257/148‑1 (MQ=255) gtaGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGttaaa > 1:1138762/1‑148 (MQ=255) gtaGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTACCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGttaaa > 1:100013/1‑148 (MQ=255) gtgtCACAAAAGTGTGACACTACCGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGGGATTTTAGAGttaaatta > 1:746649/1‑148 (MQ=255) gtCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGttaaattaaa > 1:657407/1‑148 (MQ=255) tCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTaaaa > 1:314218/1‑148 (MQ=255) cacaAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAAt < 1:1112915/148‑1 (MQ=255) acaAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTTTGCTCTTACGGAGGTTTTAGAGTTAAATTAAAAtt > 1:619941/1‑148 (MQ=255) acaAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAAtt < 1:263518/148‑1 (MQ=255) aaaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTGATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTc > 1:1172221/1‑148 (MQ=255) aaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCt < 1:554730/148‑1 (MQ=255) aaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCt < 1:454971/148‑1 (MQ=255) aaaGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTCTAGAGTTAAATTAAAATTTCt < 1:685420/148‑1 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTCAATTAAAATTTCTAAGttc < 1:1194738/148‑2 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGttt < 1:132718/148‑1 (MQ=255) tgACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTCAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGttt < 1:937728/148‑1 (MQ=255) tACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATa > 1:169908/1‑148 (MQ=255) | CGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGATAACTGATGTCTTTTTTTATTGTT‑TTTCTGTAAAAAAGTGCTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTTCCCTTATGCTCTTACGGAGATTTTAGAGTTAAATTAAAATTTCTAAGTTTTTGATAAGAA > CP000731/1479‑1771 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |