Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | T→G | 100% | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 → | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 665,392 | 0 | T | G | 100.0% | 111.5 / NA | 32 | L79* (TTA→TGA) | paiA_1 | Spermidine/spermine N(1)‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (16/16); total (16/16) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAA > USA300TCH1516_ALE/665256‑665521 | acaacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGatat > 1:152246/1‑141 (MQ=255) aacaGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATAttt > 1:381179/1‑141 (MQ=255) caGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTAt < 1:102236/141‑1 (MQ=255) aGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTaa > 1:377721/1‑141 (MQ=255) cATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGGTAACTTTGTTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAAt > 1:342521/1‑141 (MQ=255) cATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAAt > 1:15958/1‑141 (MQ=255) ttAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTGATTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTAt > 1:338311/1‑141 (MQ=255) tAAAAAAAAGACGTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATg > 1:328507/1‑141 (MQ=255) agaaaagaCGTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTa < 1:181226/141‑1 (MQ=255) aaagaCTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAg < 1:424980/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 1:14849/141‑1 (MQ=255) ttCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGt < 1:348336/141‑1 (MQ=255) tCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGtt < 1:275844/141‑1 (MQ=255) tCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGtt > 1:246845/1‑141 (MQ=255) cTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATc > 1:251148/1‑141 (MQ=255) cGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGttt > 1:289028/1‑141 (MQ=255) ttGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTg < 1:383153/141‑1 (MQ=255) gaagaaGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGaa > 1:414435/1‑141 (MQ=255) ggTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGACGATaaa > 1:175025/1‑141 (MQ=255) ggTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATaaa > 1:216041/1‑141 (MQ=255) tAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTCTTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAAtt < 1:322974/141‑1 (MQ=255) tGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTa < 1:35555/141‑1 (MQ=255) tttGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCCCGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTa > 1:61368/1‑141 (MQ=255) tttGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTa < 1:355128/141‑1 (MQ=255) tttGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTa > 1:61392/1‑141 (MQ=255) cTAACTTTATTTACGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGagg > 1:116352/1‑139 (MQ=255) tttatttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCCCATTATGTCAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGat < 1:265480/141‑1 (MQ=255) tttaCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGataata < 1:145148/141‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTACACCAGCATCGCCACATTCCCGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaa < 1:13522/141‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaa < 1:49520/141‑1 (MQ=255) aCGGTGAAGAATGATATTTATCAGCTCATTATCTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATCATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaa < 1:311025/141‑1 (MQ=255) ccgTGAACAATGATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCTCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATaaaaa < 1:236282/139‑1 (MQ=255) | ACAACAGTTAATCACTTGTTAGAAGCTTCATATAATGAACATCATTTAAAGAAAAGACTTCAAGAACAATTATTCTTAGTCGTTGAAGAAGGTAATGACATCGTTGGCTTTGCTAACTTTATTTACGGTGAAGAATTATATTTATCAGCTCATTATGTTAAACCAGAATCGCAACATACAGGTTATGGTACAGCATTGTTAAATGAAGGATTATCACGTTTTGAAGATAAATTTGAAGGTGTTTACTTAGAAGTAGATAATAAAAA > USA300TCH1516_ALE/665256‑665521 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |