| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 897,208 | Δ1 bp | 5.3% | intergenic (‑44/+44) | Int‑Tn_1 ← / ← entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 897,208 | 0 | G | . | 5.3% | 933.2 / 42.5 | 265 | intergenic (‑44/+44) | Int‑Tn_1/entA_1 | Transposase from transposon Tn916/Enterotoxin type A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (141/110); new base . (2/12); total (143/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATATTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCATGCTACCCGGAAAATAATGATTATGACATAATTAATAGATTTATATCGTTTCTTTATAAGAAATATCGACATCCAAATGGAATTTCT > USA300TCH1516_ALE/897120‑897298 | atatTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGc > 1:2291338/1‑91 (MQ=255)atatTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGc < 1:3015561/91‑1 (MQ=255) tatTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCa < 1:2222839/91‑1 (MQ=255) tatTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCa > 2:1954928/1‑91 (MQ=255) atTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCAt > 2:1759101/1‑91 (MQ=255) atTTAGTTTCTTTATTCTTATTTTTAAATTTTTCTAACCACATTTTGCTTCTCCCTCCTCAAAATTGGCAAAAAATAATAAGGGTAGGCAt > 1:2676797/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |