Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 115,758 | Δ1 bp | 6.1% | intergenic (+25/‑126) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 115,758 | 0 | A | . | 6.1% | 768.7 / 36.1 | 231 | intergenic (+25/‑126) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (105/111); new base . (9/5); total (114/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAT > USA300TCH1516_ALE/115668‑115848 | aaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGATGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGata > 2:1501803/1‑91 (MQ=255) aaacattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGata > 1:2249895/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata < 1:533247/91‑1 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata > 1:1237128/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata > 1:3203898/1‑91 (MQ=255) acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata > 2:272218/1‑91 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 2:2631052/91‑1 (MQ=255) attaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑Ca > 2:2785057/1‑91 (MQ=255) ttaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CAt < 2:1121115/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATaa > 1:247423/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAACTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAACTGATCACAACTCACAAATCTTGATATA‑CATaa > 2:1567242/1‑91 (MQ=255) aaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAt > 1:2646974/1‑91 (MQ=255) aaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAAtt > 1:171912/1‑91 (MQ=255) tGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtg < 1:1690494/91‑1 (MQ=255) ggATGACGAAATGGATTCTCTTAATTGAAGTAATAGGGAACCCAAATTCATTAAATGAGCACAAATCACAAATTATG‑TATATCATAATTtg < 2:310274/90‑1 (MQ=12) aTTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtgtg > 2:3267883/1‑91 (MQ=255) aTTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTtgtg < 1:1177130/91‑1 (MQ=255) ttACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGa < 2:3853140/91‑1 (MQ=255) ttACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGa > 1:2752064/1‑91 (MQ=255) ttACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGa > 1:1081252/1‑91 (MQ=255) tACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAt > 1:1814956/1‑91 (MQ=255) aCGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGAtt > 2:2081656/1‑91 (MQ=255) 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ttCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTc > 1:2945141/1‑91 (MQ=255) cACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCaa < 2:3082750/91‑1 (MQ=255) tAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCt < 2:918149/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGGGATTTTTTATATTCAAAGCTaa < 2:696172/91‑1 (MQ=255) ttGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTaaa > 1:2443182/1‑91 (MQ=255) aaGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAAtt > 2:476002/1‑91 (MQ=255) aGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTg > 2:3403880/1‑91 (MQ=255) tAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCa < 2:1021279/91‑1 (MQ=255) 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aCCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa > 1:272983/1‑91 (MQ=255) aCCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa < 1:3436090/91‑1 (MQ=255) aCCCAAGTAAATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa < 2:1234667/91‑1 (MQ=255) ccAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATg > 2:2585775/1‑91 (MQ=255) cAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTATAATTGCAAAAAATTAATgg < 2:3461263/91‑1 (MQ=255) aGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGtt > 1:2720526/1‑91 (MQ=255) aGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGtt < 1:3211623/91‑1 (MQ=255) gTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTa < 2:2218184/91‑1 (MQ=255) tCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAAc > 2:2546658/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtc > 1:1061980/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtc > 2:75741/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtc > 1:3124568/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 1:957417/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 2:2350910/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 2:3701227/91‑1 (MQ=255) aaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtctc < 1:564515/91‑1 (MQ=255) aaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtctc < 1:2865283/91‑1 (MQ=255) aaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtctc > 1:2851765/1‑91 (MQ=255) aaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATctct < 1:936213/91‑1 (MQ=255) aaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATctct < 1:1875445/91‑1 (MQ=255) aaTGATCACAAATCACAAAGTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATctct < 1:3903004/91‑1 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAGAATTAATTGTTAACATCTCcgttgt > 2:1257186/1‑91 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 2:3135198/1‑91 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt < 2:3061715/91‑1 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 1:2020922/1‑91 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 1:1626305/1‑91 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt < 2:2278904/91‑1 (MQ=255) taaaaaatcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 2:2368792/5‑91 (MQ=21) aaaaaatcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTgttgtt > 2:2926623/4‑91 (MQ=21) aaaaatcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGttgttg > 1:3346561/3‑91 (MQ=21) caaatcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTgg < 1:1761096/91‑1 (MQ=255) aaatcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGGTTTTTTATATTCTAAGCTAAAGTTGGAAAAAATTACTGGTTAACATCTCTGTTGTTGGc < 1:3155341/91‑1 (MQ=255) aaatcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGc > 2:1593482/1‑91 (MQ=255) aatcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCa > 2:1814365/1‑91 (MQ=25) tcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAat < 1:1532003/91‑1 (MQ=255) tcacaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGAAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAat < 2:2436113/91‑1 (MQ=255) tcacaaatTATG‑TATATCAAAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAATAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAat > 2:1275382/1‑91 (MQ=25) acaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAatat > 1:1027658/1‑91 (MQ=255) acaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAatat > 2:360846/1‑91 (MQ=255) acaaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAGTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAatat < 1:3533177/91‑1 (MQ=255) caaatTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAAtata < 1:2369162/91‑1 (MQ=255) atTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTTTTTTTTTTGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaat > 2:3735445/1‑91 (MQ=255) atTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTTTATTTTAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaat > 2:2962862/1‑91 (MQ=255) atTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaat > 1:2715978/1‑91 (MQ=255) atTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaat < 1:1381099/91‑1 (MQ=255) ttGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATataaatgat < 1:1619652/91‑4 (MQ=255) tGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATg < 2:3945670/91‑1 (MQ=255) tGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAACTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATg < 2:3469105/91‑1 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGa < 2:1776994/91‑1 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGa > 1:3847680/1‑91 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGa < 1:20111/91‑1 (MQ=255) gATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTCGCAATATAAATAATGa > 2:3789278/1‑91 (MQ=255) atatT‑CATAATTTGTGATTTTTTATATGCAATGCTAATATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAt < 2:2135103/91‑1 (MQ=255) atatA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAt < 2:2467319/91‑1 (MQ=255) | TTAAACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGAT > USA300TCH1516_ALE/115668‑115848 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |