| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,627,278 | Δ1 bp | 8.6% | intergenic (‑216/‑109) | sarT ← / → sarU | HTH‑type transcriptional regulator SarT/HTH‑type transcriptional regulator SarU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,627,278 | 0 | T | . | 8.6% | 749.0 / 61.6 | 234 | intergenic (‑216/‑109) | sarT/sarU | HTH‑type transcriptional regulator SarT/HTH‑type transcriptional regulator SarU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/116); new base . (18/2); total (116/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TGATTTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATAT‑ATAT‑TATATATAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAA‑TAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAA > USA300TCH1516_ALE/2627188‑2627368 | tttgTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑ta < 2:1560961/91‑1 (MQ=255) tttgTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑ta > 1:3662407/1‑91 (MQ=255) tgTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tata > 2:1109372/1‑91 (MQ=255) ttCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatata > 1:1909908/1‑91 (MQ=255) tCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatatat > 1:1360721/1‑91 (MQ=255) cAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATAT‑ATAT‑tatatata < 1:3460830/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |