| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 115,762:1 | +T | 6.1% | intergenic (+29/‑122) | btr → / → yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 115,762 | 1 | . | T | 6.1% | 946.8 / 50.9 | 228 | intergenic (+29/‑122) | btr/yxeP_1 | HTH‑type transcriptional activator Btr/putative hydrolase YxeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (102/112); new base T (9/5); total (111/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ACATTAAAATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCTGTTGTTGGCAATATAAATAATGATTAAT > USA300TCH1516_ALE/115672‑115852 | acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata > 1:1237128/1‑91 (MQ=255)acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAtata > 2:272218/1‑91 (MQ=255)acattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGAcata > 1:798551/1‑91 (MQ=255) cattaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑c < 1:1719069/91‑1 (MQ=255) attaaaATGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑Ca > 2:2634698/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATTACGAATGGGATTCACTTAATTGAAGTAAAACGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATaa > 1:247423/1‑91 (MQ=255) 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aaaaCGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaa < 2:112044/91‑1 (MQ=255) aaaaCGTTACCCAAGTTCAAAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaa < 2:1984053/91‑1 (MQ=255) aCGTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaaaaa > 1:3058862/1‑91 (MQ=255) cGTTAGCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACGACTTTTGATATA‑CGTAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCaaaaaa < 2:224176/91‑1 (MQ=255) agTTACCCAAGTTCATAAAAAGATCAAAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTAATATTTAATAATAAAAGAAAAAATAaaaaaaaa < 2:2049151/90‑1 (MQ=255) gTTACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAt > 2:1058247/1‑91 (MQ=255) ttACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAAtt > 1:1473219/1‑91 (MQ=255) tACCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTa > 1:2441559/1‑91 (MQ=255) aCCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa > 1:272983/1‑91 (MQ=255) aCCCAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa > 1:2569514/1‑91 (MQ=255) aCCCAAGTAAATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTaa < 2:1234667/91‑1 (MQ=255) ccAAGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATg > 2:2585775/1‑91 (MQ=255) aaGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGt < 1:161970/91‑1 (MQ=255) aGTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGtt > 1:2720526/1‑91 (MQ=255) gTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTa > 1:3522435/1‑91 (MQ=255) gTTCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTa < 2:2218184/91‑1 (MQ=255) ttCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTaa > 2:1261954/1‑91 (MQ=255) ttCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTaa < 2:1575646/91‑1 (MQ=255) tCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAAc > 2:588926/1‑91 (MQ=255) tCATAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAAc > 2:2546658/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtc > 1:1061980/1‑91 (MQ=255) tAAAATGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtc > 2:75741/1‑91 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 2:3701227/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 2:1125695/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 2:2350910/91‑1 (MQ=255) aaaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtct < 1:957363/91‑1 (MQ=255) aaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtctc > 1:2851701/1‑91 (MQ=255) aaaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACAtctc < 1:2865283/91‑1 (MQ=255) aaTGATCACAAATCACAAATTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATctct < 1:1875445/91‑1 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 1:2020922/1‑91 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt < 2:2278904/91‑1 (MQ=255) tcacaaatcacaaaTTTTGATATA‑CATAATTTGTGATTTTTTATATTCAAAGCTAAAATTGCAAAAAATTAATGGTTAACATCTCtgttgt > 1:1626306/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |