| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,627,280:1 | +A | 8.4% | intergenic (‑218/‑107) | sarT ← / → sarU | HTH‑type transcriptional regulator SarT/HTH‑type transcriptional regulator SarU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,627,280 | 1 | . | A | 8.4% | 915.6 / 79.7 | 238 | intergenic (‑218/‑107) | sarT/sarU | HTH‑type transcriptional regulator SarT/HTH‑type transcriptional regulator SarU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (104/114); new base A (18/2); total (122/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TTTGTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATAT‑ATAT‑TATATATAAAATATTTAGGTTAACATGTCTTTAAAAGAGATTGCTTTTATATTACTTTAAA‑TAATATAAAGTATTGGGACATCAGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2627192‑2627370 | gTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatat > 1:628032/1‑91 (MQ=255) gTTCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatat > 2:3085196/1‑91 (MQ=255) ttCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatata > 1:1909908/1‑91 (MQ=255) tCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATTAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatatat < 2:2768221/91‑1 (MQ=255) tCAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATAtat‑atat‑tatatat > 1:1360721/1‑91 (MQ=255) cAATTGTTTTTATTTTTGGATAATAAATGAATTTGTCATTTGTTATTCTGTGATTTTTAGTTATTTATATTTTATATAT‑ATAT‑tatatata < 1:3460830/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |