| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 576,920:1 | +T | 5.9% | intergenic (+343/‑47) | gltX → / → cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 576,920 | 1 | . | T | 5.9% | 838.0 / 43.4 | 202 | intergenic (+343/‑47) | gltX/cysE | Glutamate‑‑tRNA ligase/Serine acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (73/117); new base T (4/8); total (77/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
GATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCAATCATTGAGGAGGAAATGATCTTGTT > USA300TCH1516_ALE/576830‑577010 | gATAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTa < 2:940041/91‑1 (MQ=255) aTAATTTGGAAGCGCCAGCAATTTTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑tt < 2:3187111/91‑2 (MQ=37) aTAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑tt < 1:261899/91‑2 (MQ=255) tAATTTGGAAGCGCCAGCACTATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGGGCGGAAGCGCCTCTAACAACACAACGTGTA‑Tg > 2:1538929/1‑91 (MQ=255) tAATTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTA‑ttg < 2:1504544/91‑3 (MQ=37) aaTTTGGAAGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTCGTA‑ttgt < 2:743030/91‑4 (MQ=37) 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aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt < 1:16362/91‑1 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggt < 2:2549735/91‑1 (MQ=255) aaGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAgaggc < 1:663777/91‑5 (MQ=21) aGCGCCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAgtggtg < 2:800678/91‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGc > 1:1129613/1‑91 (MQ=255) gcgcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGc < 2:1415258/91‑1 (MQ=255) gcCAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCtt < 1:3565018/91‑1 (MQ=255) ccAGCAATATTATTAATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCACCACTAAC‑ATACAAGTTGTATTGTTAGAGGCGCttc < 1:3742098/91‑2 (MQ=17) 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tattaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATAttt < 1:941512/91‑1 (MQ=255) ttaATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTaa < 2:816682/91‑1 (MQ=255) taATGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAt > 2:444671/1‑91 (MQ=255) aaTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTCGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAtt > 2:2837751/1‑91 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 1:1155878/91‑1 (MQ=255) aTGTTATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAAttt < 1:3521128/91‑1 (MQ=255) ttATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGc < 2:2893596/91‑1 (MQ=255) tATTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCa < 2:3901961/91‑1 (MQ=255) aTTCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAg > 2:3162847/1‑91 (MQ=255) ttCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAgg > 1:336849/1‑91 (MQ=255) tCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGt < 1:836444/91‑1 (MQ=255) tCGCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGt < 1:3659647/91‑1 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc > 1:2375368/1‑91 (MQ=255) gCTAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTAc < 1:1562302/91‑1 (MQ=255) tAAATTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACtt < 1:1735459/91‑1 (MQ=255) aTTCAGAGTGGAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCaa < 2:2435363/91‑1 (MQ=255) 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ggAACCGTGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTAtt < 2:1106598/91‑1 (MQ=255) tGCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAg < 2:3874664/91‑1 (MQ=255) gCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGt < 1:3872037/91‑1 (MQ=255) gCGGAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGt < 2:3120795/91‑1 (MQ=255) ggAAGCTCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTc > 1:3074820/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTc > 2:855723/1‑91 (MQ=255) ggAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTc < 1:153872/91‑1 (MQ=255) gAAGCGCCTCTAACAATACAACTTGTA‑TGTTAGTGGTGCTTTTTTGATATTTAATTTCGCAGGTACTTCAATTATGTATTTACGTAGTTCa < 1:3243589/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |