| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | = 21481 | 549 (0.600) | 136 (0.170) | 17/144 | NT | 20.6% | intergenic (‑411/‑63) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter |
| ? | CP000731 | = 21492 | 553 (0.670) | intergenic (‑422/‑52) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0027/USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | IS431mec transposase/macrolide transporter | |||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGAATGAGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/21384‑21481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgagacAGGCTACTCCCGTCTCATTCACATTACACTTTCAAACACTTAAAAATTTATTATGATGTTTTAGTATTTGAAAGCGTTTATTATTCCTAT < CP000731/21492‑21403 TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGA > 1:1093113/1‑91TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGA < 2:972758/91‑1TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGA > 2:2020405/1‑91TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGA > 1:569278/1‑91TGTCATTTTTTATCCTTCGATAGGAATAATAAACGCTTTCAAATACTAAAACATCATAATAAATTTTTAAGTGTTTGAAAGTGTAATGTGA > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |