| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 4373 | 180 (0.200) | 165 (0.120) | 15/148 | NT | 25.8% | intergenic (+338/‑127) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0006/cadR | hypothetical protein/cadmium binding protein |
| ? | NC_012417 | = 1986 | 785 (0.410) | intergenic (+219/+107) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 612 total aligned reads displayed.
TGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTA > CP000731/4283‑4463 | tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 1:3867420‑M1/1‑91 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 1:918956‑M1/1‑91 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 2:2385056‑M1/1‑91 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 1:3206806‑M1/1‑91 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG < 1:1787861‑M1/91‑1 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG > 1:1601466‑M1/1‑91 (MQ=255)tGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAGTCG > 2:3048292‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagttta > 2:2156729‑M1/1‑79 (MQ=255) aaTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcata > 1:1505592‑M1/1‑38 (MQ=255) aTGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataa > 1:2387527‑M1/1‑37 (MQ=255) tGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaa > 1:2935680‑M1/1‑36 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaat > 1:3599031‑M1/1‑35 (MQ=255) gTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaat > 1:2571167‑M1/1‑35 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaatg > 2:2852153‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaata > 1:1863965‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaata > 1:1386754‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 1:1738213‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 2:3167984‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 1:1473739‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatg > 1:686153‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGactgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaata > 1:708535‑M1/1‑34 (MQ=255) tCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGactgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcgacataaata > 2:3440981‑M1/1‑34 (MQ=255) cGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaatac > 1:2802261‑M1/1‑33 (MQ=255) cGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgc > 1:1984766‑M1/1‑33 (MQ=255) cGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgc > 1:1302177‑M1/1‑33 (MQ=255) cGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcatacatgcg > 2:534698‑M1/1‑32 (MQ=255) ggcttaatagctcacgctatGCCGACC‑TTCGACAAGTTTTGGGATTGTTACGGGGTCCGTGGCTCCACGTCAATAAACCAATTGGAATaaa < 1:2183351‑M1/71‑1 (MQ=255) ggCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgt > 1:2693866‑M1/1‑31 (MQ=255) ggCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtctagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgt > 2:2448821‑M1/1‑31 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttttcggcataaatgcgtg > 2:3809869‑M1/1‑30 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtc > 1:3053076‑M1/1‑30 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAg > 1:1099795/1‑91 (MQ=31) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGCGTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATACAGCAATTGGAATAAAg > 2:1837343/1‑91 (MQ=255) cATAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcg > 1:3531872‑M1/1‑29 (MQ=255) aTAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTCTGGGATTGCTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATCGGAATAAAGc > 2:2699620/1‑91 (MQ=255) aTAGCGTGAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgt > 2:610164‑M1/1‑28 (MQ=255) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCa < 1:2071909/91‑1 (MQ=33) tAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAAGAAAGCa < 2:464857/91‑1 (MQ=18) aGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGAGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAc > 1:3345693/1‑91 (MQ=21) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAcc < 1:2662350/91‑1 (MQ=35) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAcc < 1:3314753/91‑1 (MQ=35) gCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAcc > 2:218568/1‑91 (MQ=35) tagctcacgctatGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCt < 1:1919090‑M1/78‑1 (MQ=255) cGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCt > 1:2242932/1‑91 (MQ=37) gTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTa < 2:1457555/91‑1 (MQ=38) tGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTAt > 1:1679981/1‑91 (MQ=39) tGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTAt < 2:1185319/91‑1 (MQ=39) gAGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctatttt > 1:3498171‑M1/1‑21 (MQ=255) gAGCTATTAAGCCG‑CCATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcatatatgcgtcgtctatttt > 2:2578122‑M1/1‑21 (MQ=255) aGCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcctcgtctattttt > 2:3286306‑M1/1‑20 (MQ=255) gCTATTAAGCCGACCATTCGacaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttat > 2:1873093‑M1/1‑20 (MQ=255) gCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGat > 2:3621592/1‑91 (MQ=255) gCTATTAAGCCGA‑CATTCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctatttttt > 2:2099688‑M1/1‑19 (MQ=255) gtATTAGGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGAGTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGatt < 2:226035/90‑1 (MQ=255) 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ttAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGattatt > 1:1172897/1‑91 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTa < 2:1422979/91‑1 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTa > 2:2016984/1‑91 (MQ=255) aaGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTa > 1:3000080/1‑91 (MQ=255) GCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaa > 2:887800‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaa < 1:1566253‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaa < 2:510419‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaa > 1:2460514‑M1/1‑91 (MQ=255) CCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTaaaa < 2:393533‑M1/91‑1 (MQ=255) CGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCAGCTATGATTATTTaaaaa < 1:3386782‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAat < 2:1899085‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAat < 2:3734153‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata < 1:3744248‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCATTCGACAAGTTTAGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAata < 1:231353‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAatat < 2:679697‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAatat < 1:2602131‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ttCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAg < 1:1003420/91‑1 (MQ=255) tCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataa < 1:845285‑M1/91‑89 (MQ=255) tCGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataa > 2:1352522‑M1/1‑3 (MQ=255) cGtctgcaagtttagttaagggttcttctcgacatcaataaattttctcggcataaaggcgtcgtctattttttattatcttcatgataat < 2:773751‑M1/91‑90 (MQ=255) cGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcactaaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatcataat > 1:3676062‑M1/1‑2 (MQ=255) cGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataat < 1:978300‑M1/91‑90 (MQ=255) cGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataat < 1:2766800‑M1/91‑90 (MQ=255) cGtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataat < 1:284539‑M1/91‑90 (MQ=255) cGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGtt < 1:501903/91‑1 (MQ=255) gtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatc > 2:3496683‑M1/1‑1 (MQ=255) gtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatc > 2:3552768‑M1/1‑1 (MQ=255) gtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatc < 1:566943‑M1/91‑91 (MQ=255) gtctgcaagtttagttaagggttcttctcaacatcaataaattttctcggcataaatgcgtcgtctattttttattatcttcatgataatc < 2:1023608‑M1/91‑91 (MQ=255) gACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTta < 2:1245042/91‑1 (MQ=255) | TGCCGAAAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAGCACCTATGATTATTTAAAAATATAAGTTA > CP000731/4283‑4463 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |