| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | = 1974 | 1112 (0.530) | 157 (0.090) | 16/138 | NT | 14.1% | intergenic (+207/+119) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 2041 | NA (NA) | intergenic (+274/+52) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2126 total aligned reads displayed.
GGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACG > NC_012417/1884‑2064 | ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 2:834340‑M1/91‑1 (MQ=255)ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 1:1195576‑M1/91‑1 (MQ=255)ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 1:2938531‑M1/91‑1 (MQ=255)ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 1:1495953‑M1/91‑1 (MQ=255)ggAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAAC < 2:3170280‑M1/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAATATGATTATCATGAAGATAATAACAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACt < 1:3356042/91‑1 (MQ=255) 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tagaaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATGTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCgc > 2:3358883/4‑90 (MQ=255) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGt > 2:2915566/1‑91 (MQ=255) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGt > 1:2015591/1‑91 (MQ=255) taaAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGt > 1:12892/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGa < 2:695185/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAg < 2:3082162/91‑1 (MQ=255) aTAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTa < 1:685175/91‑1 (MQ=255) tAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTAt > 2:257185/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |