| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 932460 = | 150 (0.740) | 11 (0.060) | 11/136 | NT | 7.7% | intergenic (+6/+257) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 932506 = | 135 (0.780) | intergenic (+52/+211) | USA300HOU_RS04635/nfuA | hypothetical protein/Fe/S biogenesis protein NfuA | |||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
GAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTTATATTTTAAATTTCATAGAATAGAATAGTAATATGTGCTTGGA > USA300TCH1516_ALE/932370‑932550 | gAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA > 1:507103‑M1/1‑91 (MQ=255)gAAAGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACA < 2:1282309‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA < 2:2792446‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAA > 1:1793069‑M1/1‑91 (MQ=255) attttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaa < 2:620503‑M1/1‑1 (MQ=255) attttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaa < 2:2857071‑M1/1‑1 (MQ=255) aaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAA > 1:1383533‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAA < 1:2308460‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGGTTGGGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAA > 1:890988‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaaa < 1:2502000‑M1/2‑1 (MQ=255) ggTTGTGTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATA < 2:2952283‑M1/91‑1 (MQ=255) ttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAAt < 1:1485460‑M1/4‑1 (MQ=255) ttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAAt > 2:2222666‑M1/88‑91 (MQ=255) ttatactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAAt < 2:1011100‑M1/4‑1 (MQ=255) tactatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGc > 1:628718‑M1/85‑91 (MQ=255) gggTTTATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCAC > 1:1302069‑M1/1‑91 (MQ=255) ctatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGcac > 2:3598801‑M1/83‑91 (MQ=255) tttATATGGATGAGCAAATTGCGAAACATATCAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAACAATTAAA‑‑ATACTAATAGCACATA > 2:3018277‑M1/1‑91 (MQ=255) tatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGcaca > 1:2107486‑M1/82‑91 (MQ=255) tatttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGcaca > 1:3518053‑M1/82‑91 (MQ=255) atttatctgattaattattttattattgccacatatcccagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACAt < 2:2592259‑M1/11‑1 (MQ=255) atttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACAt < 2:1441699‑M1/11‑1 (MQ=255) tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa > 1:1861210‑M1/80‑91 (MQ=255) tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa < 2:1302069‑M1/12‑1 (MQ=255) tttatctgattaattattttattattgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATa < 2:2073921‑M1/12‑1 (MQ=255) tataTGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAAc < 1:3865856/91‑1 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACt < 2:2512534/91‑1 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACt > 2:699107/1‑91 (MQ=255) atatGGATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACt > 1:1460362/1‑91 (MQ=255) atGGATGANCAANTNGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCa < 1:105580/91‑1 (MQ=255) ggATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAAc > 2:1379762/1‑91 (MQ=255) gATGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACg > 2:1772965/1‑91 (MQ=255) aTGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGa > 2:1081587/1‑91 (MQ=255) tGAGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAt < 2:3305536/91‑1 (MQ=255) aGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAttt < 2:502536/91‑1 (MQ=255) aGCAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGAttt > 2:1666095/1‑91 (MQ=255) cAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttg > 1:2155547/1‑91 (MQ=255) cAAATTGCGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTttg > 2:2443741/1‑91 (MQ=255) 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cGAAACATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGc > 1:2990204/1‑91 (MQ=255) gaacATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt < 1:3938661‑M2/90‑2 (MQ=255) aaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGta < 2:298229‑M2/91‑3 (MQ=255) aaCATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGta < 2:2617620‑M2/91‑3 (MQ=255) attgccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGt > 2:263578‑M1/57‑91 (MQ=255) cATATGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAcgctcaatcaaaatcgttgagttatg < 1:3664736‑M1/91‑27 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt > 1:241378‑M2/1‑86 (MQ=255) atatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgt > 1:241988‑M2/1‑86 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:1546747‑M2/1‑85 (MQ=255) tatGAAAGGTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGtatgtg > 1:2962663‑M2/1‑85 (MQ=255) ccacatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTAtgt > 1:3619506‑M1/53‑91 (MQ=255) aatatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatattaAAATATCATATTACTAAATGTTTTTGATTGAGCGTATGTGCt > 2:3781626‑M1/50‑91 (MQ=255) atatccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTa > 2:776096‑M1/49‑91 (MQ=255) gTGAACCACAACCTGAAGTAGATAAACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAttttt > 2:1594508/1‑91 (MQ=255) ccaagcacatattactattctattctatgaaatttaaaatataaAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTAtttt > 1:190561‑M1/45‑91 (MQ=255) aaCCACAACCTGAAGTAGATATACCTAAAAATTAAA‑‑ATACAAATAGCACATAACTCAACGATTTTGATTGAGCGTATGTGCTATTTTtata > 2:860552/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |