| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 17008 = | NA (NA) | 29 (0.030) | 13/148 | NT | 100% | coding (54/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase |
| ? | CP000731 | 17011 = | 0 (0.000) | coding (51/675 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021 | IS431 mec transposase | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 | tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 2:2818510‑M2/91‑91 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg > 2:2180108‑M2/91‑91 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:2596934‑M2/1‑1 (MQ=255)tttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttg < 1:307577‑M2/1‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 1:1289973‑M2/90‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 2:619767‑M2/90‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 1:432933‑M2/90‑91 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg < 2:172428‑M2/2‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg < 2:2502371‑M2/2‑1 (MQ=255) ttataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttgg > 2:1511122‑M2/90‑91 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttgacaaggatgttatcactgtagccgttGGc < 2:3445537‑M2/3‑1 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc > 2:1894447‑M2/89‑91 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc < 1:2036215‑M2/3‑1 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc > 2:1411498‑M2/89‑91 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc < 1:1573412‑M2/3‑1 (MQ=255) tataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGc > 1:288316‑M2/89‑91 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:3409761‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:2327849‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:3326395‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:514596‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 2:2117102‑M2/88‑91 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 2:1939939‑M2/88‑91 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:3839657‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 1:488984‑M2/88‑91 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 1:820672‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt < 2:462840‑M2/4‑1 (MQ=255) ataatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCt > 1:2317290‑M2/88‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 2:2575116‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 2:3807977‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:1668359‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:1802210‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:2856121‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:201954‑M2/5‑1 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 2:3047104‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:2226924‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatctaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa > 1:3239584‑M2/87‑91 (MQ=255) taatataatttgaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTa < 1:3583841‑M2/5‑1 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 1:1632602‑M2/86‑91 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 1:3216517‑M2/6‑1 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 1:536877‑M2/6‑1 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 2:2623590‑M2/86‑91 (MQ=255) aatataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatctcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc > 2:3252685‑M2/86‑91 (MQ=255) aatataatattaaaaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttGGCTAc < 2:1201252‑M2/6‑1 (MQ=255) ataattttaacaaaaaggagtcttctgtatgaactatttcagatataaacaatttaacaaggatgttatcactgtagccgttggctagtat > 1:3066707‑M2/83‑87 (MQ=255) gtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatatt > 1:1910177‑M2/10‑91 (MQ=255) gtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatatt > 2:767537‑M2/10‑91 (MQ=255) gtagccgttGGCTACAGTGATAACATCCCTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatatt > 2:253727‑M2/10‑91 (MQ=255) agccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGTAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatattat > 1:3943583‑M2/8‑91 (MQ=255) gccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAttatattata > 1:889445‑M2/7‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaa > 2:955527‑M2/6‑91 (MQ=255) ccgttGGCTACAGTGATAACACCCCTGTTAAATCGTTTATATCAGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAattatactatac > 2:1105509‑M2/6‑90 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAACTTATATTATaaa > 2:3408251‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 2:918696‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 2:1181452‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 2:2763290‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 1:598424‑M2/5‑91 (MQ=255) cgttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATaaa > 2:2906413‑M2/5‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTACATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGCCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 2:2674248‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:3741786‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 2:2533704‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:2142625‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 2:2057380‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 2:3069164‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:139322‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:131995‑M2/4‑91 (MQ=255) gttGGCTACAGTGATAACATCCTAGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAt > 1:938586‑M2/4‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATCGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3140748‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGCAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3507728‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTATTTATATTATAGAtt > 2:854727‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTATTATTTTATTATAAAtt > 2:1705922‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAata > 2:2930056‑M2/3‑90 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:2728643‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:1974259‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:1982960‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:1497821‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 2:3922057‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 2:278368‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:804310‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:956066‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:707407‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3905939‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 2:1781732‑M2/3‑91 (MQ=255) ttGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAAtt > 1:3616263‑M2/3‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:1015174‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:2465694‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:689246‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:2280395‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTc > 1:2568109‑M2/2‑91 (MQ=255) tGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCATTTTGTTAAAATTATATTATCAATTc > 2:1768131‑M2/2‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAACTTCa > 1:3298989‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 2:2015641‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:1929620‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:3490263‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 2:2200537‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:45152‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:1622793‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 1:3231172‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 1:1243502‑M2/91‑1 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa > 2:236256‑M2/1‑91 (MQ=255) GGCTACAGTGATAACATCCCTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCa < 2:3702243‑M2/91‑1 (MQ=255) | GATCGTTGAATGATGAACGTTTACACCACGTTCTCTTAATATTTCAGATATATCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCA > CP000731/16921‑17101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |