| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | 1993 = | NA (NA) | 197 (0.100) | 16/148 | NT | 29.5% | intergenic (+226/+100) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2021 = | 509 (0.240) | intergenic (+254/+72) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1198 total aligned reads displayed.
ATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > NC_012417/1931‑2111 | ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac < 1:3241092‑M2/1‑1 (MQ=255)ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac < 2:1374683‑M2/1‑1 (MQ=255)ttccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgac > 2:2821462‑M2/91‑91 (MQ=255) tttATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCa > 1:1085687/1‑91 (MQ=34) tccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCa > 1:3906313‑M2/90‑91 (MQ=255) tccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCa < 2:3713951‑M2/2‑1 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt < 1:2809152‑M2/3‑1 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt > 2:259615‑M2/89‑91 (MQ=255) ccaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAt > 2:319837‑M2/89‑91 (MQ=255) tATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAtt > 1:2839143/1‑91 (MQ=34) tATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCAtt > 2:3876721/1‑91 (MQ=34) caattgctttattgacgttgagcctcggcccccttcacaatcccaaaccttgtcgaatggccggctcactacctcacgctatgccgacact > 2:3609934‑M2/88‑89 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:2401919‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 1:2017426‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:2041618‑M2/4‑1 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt > 2:517933‑M2/88‑91 (MQ=255) caattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt > 2:3057043‑M2/88‑91 (MQ=255) aaattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcctagaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCAtt < 2:838123‑M2/4‑1 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc > 1:3041077‑M2/87‑91 (MQ=255) aattgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTc > 2:1842824‑M2/87‑91 (MQ=255) aTGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTc > 2:780893/1‑91 (MQ=34) tGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCg < 1:1403738/91‑1 (MQ=34) tGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCg > 2:2298416/1‑91 (MQ=34) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg < 1:2402707‑M2/6‑1 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:613049‑M2/86‑91 (MQ=255) attgctttattgacgttgagcctcggaacccttaacaatcccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCg > 1:2534747‑M2/86‑91 (MQ=255) gCCGGGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGTGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:794802/91‑1 (MQ=16) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a > 1:3863621/1‑91 (MQ=34) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:669155/91‑1 (MQ=34) gCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑a < 1:1457354/91‑1 (MQ=34) ccGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑c < 1:71989/91‑1 (MQ=34) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑Ca < 1:3186110/91‑1 (MQ=34) cGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑Ca < 1:572208/91‑1 (MQ=34) gagaAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑Caa < 1:2153087/91‑1 (MQ=33) ccaaaacttgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTG‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAAc > 1:3609719‑M2/46‑91 (MQ=255) tcgaatggtcggcttaatagctcacgctcttaagccgacCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGCCAATaaa > 2:2107298‑M2/40‑91 (MQ=255) tgtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTG‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaa > 2:2977646‑M2/38‑91 (MQ=255) gtcgaatggtcggcttaatagctcacgctatgccgaCATTCGTCTG‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATaaa > 1:2595450‑M2/37‑91 (MQ=255) 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ATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > NC_012417/1931‑2111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |