| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 81 | N→G | 100% | intergenic (–/‑151) | – / → repA | –/replication protein A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 81 | 0 | N | G | 100.0% | 5137.3 / ‑6.5 | 1364 | intergenic (–/‑151) | –/repA | –/replication protein A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base N (0/0); major base G (793/567); minor base A (2/0); total (797/567) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 1364 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAA > CP000731/1‑170 | ataagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaa > 1:2717175‑M1/9‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 2:2054417‑M1/8‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 1:863327‑M1/8‑91 (MQ=255) taagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGaaa > 2:2221242‑M1/8‑91 (MQ=255) aagtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAAc > 1:3180261‑M1/7‑91 (MQ=255) agtttATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACt < 1:2792517‑M1/86‑1 (MQ=255) 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ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGa < 1:184796‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGa > 1:1391868‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACCTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGa < 2:3251465‑M1/91‑1 (MQ=255) ccccgactattaccagtagttggggtttGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaa > 1:789465‑M2/29‑91 (MQ=255) CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaa < 1:3311220‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaa < 1:2277080‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat > 1:1455352‑M1/1‑91 (MQ=255) CCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGaat < 2:2420410‑M1/91‑1 (MQ=255) 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aCGTTTAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATtaaataaa > 2:745207/1‑91 (MQ=255) tttAGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGt > 1:1606487/1‑91 (MQ=255) gaGAAGCTGTTTATTTATATAATGGTGGATGCTGGTATTATATAGTGAAGAATATGGTAGGGCAAGCACCTAAATCAGTAAATAAATGTaa < 2:1416596/90‑1 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTaaa > 2:2888528/1‑91 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTaaa > 2:2624218/1‑91 (MQ=255) aGAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTaaa > 2:173823/1‑91 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTAAAGTGCTATAATAAACTTAATATAACAAAAACCCCAACTACTGGTAATAGTCGGGGTTTGGTAATAAAACGTTTANAAACTGTTTATTTATATAATTTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAA > CP000731/1‑170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |