| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | T→C | 10.2% | intergenic (+17/‑47) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,542 | 0 | T | C | 10.2% | 699.0 / 52.7 | 244 | intergenic (+17/‑47) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/100); new base C (12/13); total (131/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TAGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/890452‑890632 | aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 2:2645507/1‑91 (MQ=255) aGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTa > 1:3851444/1‑91 (MQ=255) gAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTaa < 2:3312425/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGTGATGCAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGCAAAATATTCAGCAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACCCCTTAAt > 2:2519842/1‑91 (MQ=255) aTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAGATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCt < 1:3344235/91‑1 (MQ=255) aTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCt > 1:878673/1‑91 (MQ=255) aTTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCt < 2:221924/91‑1 (MQ=255) aGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAg > 1:2927395/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGa < 2:2361811/91‑1 (MQ=255) gatgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGAtt > 2:2097908/1‑91 (MQ=255) atgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTg > 2:3751350/1‑91 (MQ=255) atgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTg > 2:161047/1‑91 (MQ=255) tgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGAttaa < 1:569152/91‑3 (MQ=255) gaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTgag < 2:3898709/91‑1 (MQ=255) gaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGAttaag < 1:2099635/91‑4 (MQ=255) aaaGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGATTaagg < 1:1593169/91‑1 (MQ=255) aaGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTgagga < 1:953157/91‑1 (MQ=255) aGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTgaggag < 1:1851561/91‑1 (MQ=255) cAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGttt > 1:523281/1‑91 (MQ=255) aGATTGAAGCTTTGTTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTa > 2:931048/1‑91 (MQ=255) aGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTa > 2:3216935/1‑91 (MQ=255) gATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTTTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAt > 2:3864368/1‑91 (MQ=255) aTTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAtt < 1:5997/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAtt < 2:3388754/91‑1 (MQ=255) ttGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAttt < 1:2043120/91‑1 (MQ=255) tGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAtttt < 2:2199213/91‑1 (MQ=255) gAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAttttt < 1:2956821/91‑1 (MQ=255) gAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAttttt > 1:428820/1‑91 (MQ=255) gAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTAttttt < 2:2614010/91‑1 (MQ=255) aGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAg < 2:1334777/91‑1 (MQ=255) gatttATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGt < 2:1391723/89‑1 (MQ=255) cTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTc > 1:424254/1‑91 (MQ=255) cTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTc < 2:2037276/91‑1 (MQ=255) ttattaACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTg > 1:2389321/1‑91 (MQ=255) attaACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTgag < 1:382395/91‑1 (MQ=255) aaCAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTACCTACTTAATAACAGATTGAGGAGATCATTTTTAGTCTGAGaaa > 2:3263537/1‑91 (MQ=255) aaCAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGaaa < 2:1560124/91‑1 (MQ=255) aCAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGaaaa < 1:1376988/91‑1 (MQ=255) cAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAaaat > 2:3528801/1‑91 (MQ=255) gCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAaaataa > 2:1033434/1‑91 (MQ=255) cTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAaaataaa < 2:1358419/91‑1 (MQ=255) gAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATg < 2:774841/91‑1 (MQ=255) gAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATg > 2:95009/1‑91 (MQ=255) gAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATg > 1:1938527/1‑91 (MQ=255) gAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATg > 1:1938559/1‑91 (MQ=255) gAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATATCAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATg > 2:171007/1‑91 (MQ=255) aaaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGata > 2:1664412/1‑91 (MQ=255) aaTATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGatat > 1:3143431/1‑91 (MQ=255) atatTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAAGCTAAGAGTGAGGAGTTTATTTGTAGTCTGAGAAAATAAATGCTATg > 2:1916711/1‑91 (MQ=255) atTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaa > 2:2883646/1‑91 (MQ=255) atTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaa < 1:3533589/91‑1 (MQ=255) ttCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaa > 1:722747/1‑91 (MQ=255) cAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaaga > 1:3920202/1‑91 (MQ=255) cAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTCAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaaga > 2:268865/1‑91 (MQ=255) cAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGATTATTATTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaaga > 2:2416260/1‑91 (MQ=255) gAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGGGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaagaaa < 2:3056326/91‑1 (MQ=255) gAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATgaaagaaa > 1:1489524/1‑91 (MQ=255) aaTGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGaaaaa < 1:684376/91‑1 (MQ=255) aaTGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGaaaaa < 1:908777/91‑1 (MQ=255) aTGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAat > 1:2865849/1‑91 (MQ=255) ttGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAattatt < 1:3730176/91‑1 (MQ=255) tGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTAAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAAttatta > 1:3366711/1‑91 (MQ=255) tGGTGAATAATCACAGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAAttatta < 2:2814882/91‑1 (MQ=255) ggTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAg < 2:882789/91‑1 (MQ=255) gTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAgg > 1:1115475/1‑91 (MQ=255) gTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAgg < 2:512404/91‑1 (MQ=255) tGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATAAGAAAAAAAAATTATTAGGt < 2:1167330/91‑1 (MQ=255) aataatCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTAc < 1:3933997/91‑1 (MQ=255) taatCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACta > 1:3890139/1‑91 (MQ=255) taatCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACta > 1:3257737/1‑91 (MQ=255) taatCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACta > 2:117302/1‑91 (MQ=255) taatCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACta > 2:1577568/1‑91 (MQ=255) cACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACtattat > 2:1916263/1‑91 (MQ=255) cACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACtattat > 1:3608632/1‑91 (MQ=255) cACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACtattat < 1:2274535/91‑1 (MQ=255) cACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACtattat < 1:3480144/91‑1 (MQ=255) aCCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTattatt > 1:3078145/1‑91 (MQ=255) aCCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTattatt > 2:2065501/1‑91 (MQ=255) aCCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTattatt < 1:2203578/91‑1 (MQ=255) cGTGTAACTCCGTAATCTAAGATTGAGGAGTGTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTg < 2:3490370/91‑1 (MQ=255) taaaCTCCTCAATCTTAGATTAAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAg > 1:244453/3‑91 (MQ=38) gtAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAg < 1:3278428/91‑1 (MQ=255) tAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGt < 1:1245579/91‑1 (MQ=255) tAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTCTATTTTTAGTCTGAGACAATAAATGATATGAAAGAACAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGt > 2:1628350/1‑91 (MQ=255) aaaCTCCTCAATCTTAGATTAAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGt > 1:1735860/2‑91 (MQ=38) aaaCTCCTCAATCTTAGATTAAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATATGGAGt > 2:1457290/2‑91 (MQ=38) aaCTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTa > 1:2725115/1‑91 (MQ=255) ctcctcAATCTTAGATTAAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTAtt > 2:641191/1‑91 (MQ=39) cTCCTTAATCTAAGATTGTGGAGTTTATTCTTAGTCTGAGAAAATAAATGTTATGAAAGTAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTAtg > 2:3890445/1‑90 (MQ=255) cTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTAtt > 2:3835813/1‑91 (MQ=255) cTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTAtt > 1:774529/1‑91 (MQ=255) tCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGCGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTg > 1:3341899/1‑91 (MQ=255) ccTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGc < 1:1653348/91‑1 (MQ=255) ccTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGc < 1:2613952/91‑1 (MQ=255) ccTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGc > 1:1013750/1‑91 (MQ=255) ccTTAATATAAAATTGAGGAGTTTAGTTTTAGTCTGAGAAATTAAATGAGATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTGGGAGTATTGc < 2:3730805/91‑1 (MQ=255) cTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCt < 2:245121/91‑1 (MQ=255) cTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCt > 1:1244482/1‑91 (MQ=255) ttAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTa > 1:2542794/1‑91 (MQ=255) tAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTAc < 2:312432/91‑1 (MQ=255) | TAGAAATTAGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTAC > USA300TCH1516_ALE/890452‑890632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |