| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | A→T | 10.9% | intergenic (+23/‑41) | gcvH → / → USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 890,548 | 0 | A | T | 10.9% | 717.4 / 59.7 | 237 | intergenic (+23/‑41) | gcvH/USA300TCH1516_00820 | Glycine cleavage system H protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/93); new base T (16/10); total (134/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
AGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGATTGAGGAGTTTATTTTTAGTCTGAGAAAATAAATGATATGAAAGAAAAATTATTAGGTACTATTATTTGGAGTATTGCTACATTTTA > USA300TCH1516_ALE/890460‑890638 | aGTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAg > 1:2927395/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGa < 1:949982/91‑1 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGa > 1:2452688/1‑91 (MQ=255) gTGATGAAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTCAATCTTAGa < 2:2361811/91‑1 (MQ=255) gatgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGAtt > 2:2097908/1‑91 (MQ=255) gatgaAAGTCAGATTGAAGCTTTATTAACAGCTGAAAAATATTCAGAAATGATTGGTGAATAATCACCGTGTAACTCCTTAATCTAAGAtt < 2:3087607/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |