| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 950,093 | T→A | 17.0% | intergenic (+87/‑275) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 950,093 | 0 | T | A | 17.0% | 749.6 / 124.9 | 274 | intergenic (+87/‑275) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/107); new base A (20/26); total (140/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
CTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCAT > USA300TCH1516_ALE/950003‑950183 | cTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAt > 2:2815833/1‑91 (MQ=255) tAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAtt < 2:356549/91‑1 (MQ=255) aaaGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt > 1:1391497/1‑91 (MQ=255) aaaGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt > 1:1842287/1‑91 (MQ=255) aaGGGACAGATCGATCGTACCGAAGATCATACAATGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGGCTTGAGTATCTATTAAAtttt < 2:2269735/91‑1 (MQ=255) aGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTtta < 1:2272331/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |