| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | T→A | 17.1% | intergenic (+92/‑270) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | 0 | T | A | 17.1% | 767.0 / 128.7 | 281 | intergenic (+92/‑270) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/112); new base A (22/26); total (142/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
GAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCT > USA300TCH1516_ALE/950009‑950188 | aaCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTttatta < 1:3763037/91‑1 (MQ=255) aCAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAg < 2:2568743/91‑1 (MQ=38) aCAGATAAAGCGTACAGAAAAACATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTGATTAAAATAAAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAg < 2:2193735/91‑1 (MQ=255) aGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGAt > 2:3102496/1‑91 (MQ=255) aTAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTAATAAAATTTAATAGATAc < 2:2096859/91‑1 (MQ=37) tAAGTCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACt < 1:3191180/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |