| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 970,677 | G→A | 11.2% | intergenic (+23/‑306) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 970,677 | 0 | G | A | 11.2% | 708.2 / 52.8 | 245 | intergenic (+23/‑306) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (109/107); new base A (4/24); total (113/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AACCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGT > USA300TCH1516_ALE/970587‑970767 | aaCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAg > 1:3843013/1‑91 (MQ=255)aaCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAg < 1:3601396/91‑1 (MQ=255)aaCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAg < 1:2038140/91‑1 (MQ=255)aaCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAg < 1:2806793/91‑1 (MQ=255)aaCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAg < 2:1337582/91‑1 (MQ=255) aCCAGGTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGt > 2:1206802/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |