| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 970,681 | T→A | 11.0% | intergenic (+27/‑302) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 970,681 | 0 | T | A | 11.0% | 746.5 / 64.6 | 247 | intergenic (+27/‑302) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/111); new base A (4/23); total (113/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGTGAA > USA300TCH1516_ALE/970593‑970770 | gTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTta > 2:965334/1‑91 (MQ=255)gTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTta < 1:3518309/91‑1 (MQ=255)gTGATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTta < 1:2441699/91‑1 (MQ=255) gaAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAg > 2:38921/1‑91 (MQ=255) gTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGAtt > 1:2998457/1‑91 (MQ=255) tAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAACTAACCAATCTATATAAAGACTgg < 2:1080964/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |