| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 970,686 | T→A | 10.5% | intergenic (+32/‑297) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 970,686 | 0 | T | A | 10.5% | 743.0 / 55.3 | 239 | intergenic (+32/‑297) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (107/105); new base A (4/21); total (111/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
ATGAAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGTGAAATATTG > USA300TCH1516_ALE/970596‑970776 | atgaAGTTAAAGTGACTATTGATAATAATGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTtatat > 2:1874061/1‑91 (MQ=255) gaAGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAg > 1:53901/1‑91 (MQ=255) aaGTTAAACTGCCTCTTGCGAATATTAGACCGCTGACAACTCATACCCCTAAATAATTGTCATTTAAAAAGCTAACCAATCTATATAAAGa < 2:3884991/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTg < 2:273359/91‑1 (MQ=255) ttAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAACTAACCAATCTATATAAAGactg < 2:882885/91‑4 (MQ=37) tAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAACTAACCAATCTATATAAAGACTgg < 2:1080964/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |