| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | T→C | 10.7% | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805 → / → USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 970,690 | 0 | T | C | 10.7% | 706.4 / 58.1 | 251 | intergenic (+36/‑293) | USA300HOU_RS04805/USA300HOU_RS04810 | Ureidoglycolate lyase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (111/113); new base C (6/21); total (117/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AGTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGTTAGTTTTTTCTTGCTTTTCTAAAAAGGTGTTAAAGATAAATTATTTATAATGTTACCATTTTGAGATGAAAGTGAAATATTGATAT > USA300TCH1516_ALE/970600‑970780 | gTTAAAGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGAtt > 2:1451829/1‑91 (MQ=255) aaaGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGt < 2:2805044/91‑1 (MQ=255) aaaGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAATCTATATAAAGACTGGt < 2:2422600/91‑1 (MQ=38) aaaGGGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAATCTATATAAAGACTGGt < 1:506560/91‑1 (MQ=38) aaGTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGACAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAGTCTTTATATAGATTGGtt > 2:2785694/1‑91 (MQ=255) gTGACTATTGATAATATTGGAACGCTGGCAACTTATATCGCTAAATAATTATCATTTAAAAAGCTAACCAATCTATATAAAGACTGGTTAg < 2:1654213/91‑1 (MQ=37) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |