Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 993,825 | A→G | 5.4% | intergenic (+29/‑183) | dppE → / → appA | Dipeptide‑binding protein DppE/Oligopeptide‑binding protein AppA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 993,825 | 0 | A | G | 5.4% | 777.6 / 21.3 | 243 | intergenic (+29/‑183) | dppE/appA | Dipeptide‑binding protein DppE/Oligopeptide‑binding protein AppA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (136/93); new base G (10/3); total (146/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CACTTAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATATCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCATA > USA300TCH1516_ALE/993735‑993915 | cACTTAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACata > 2:1070094/1‑91 (MQ=255) cTTAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATAtc > 1:3277654/1‑91 (MQ=255) cTTAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATAtc < 1:3319372/91‑1 (MQ=255) ttAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATAtct < 2:2879284/91‑1 (MQ=255) aaaCATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATATCTcc > 2:3834565/1‑91 (MQ=255) aaaCATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATATCTcc < 1:3911966/91‑1 (MQ=255) 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agaCATATCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTaaa < 1:3597154/91‑1 (MQ=255) agaCATATCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTaaa > 2:2497355/1‑91 (MQ=255) atatCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCa > 1:3898389/1‑91 (MQ=255) atatCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCa < 2:2837565/91‑1 (MQ=255) atatCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCa > 2:890331/1‑91 (MQ=255) atCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCata < 1:132056/91‑1 (MQ=255) | CACTTAAACATGTATATATTGATAAATCGATAGATAAAGAAACAGGTAAGAAGAAAAAATAATATGCTTTGTAAATTAGGCTGGAGACATATCTCCAGTCTTTTTGTGTTGGATAAAAACTTTGGGAATAAAAATTTAAAATAAGTCGTTTTTTAAATTACTGAAATTGATTAAATGCATA > USA300TCH1516_ALE/993735‑993915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |