| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,019,742 | G→A | 5.3% | intergenic (+64/+49) | USA300HOU_RS05030 → / ← ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,019,742 | 0 | G | A | 5.3% | 862.7 / 22.3 | 256 | intergenic (+64/+49) | USA300HOU_RS05030/ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (112/129); new base A (4/10); total (116/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GTTATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATA > USA300TCH1516_ALE/1019652‑1019832 | gTTATTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTg > 2:3612939/1‑91 (MQ=255) aTTGAAACGTTTACATTAGCTTAAGTAACATACTAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt > 2:1383415/1‑91 (MQ=255) aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt > 1:2268456/1‑91 (MQ=255) aTTGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAAt > 1:2164173/1‑91 (MQ=255) tGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGt < 2:518119/91‑1 (MQ=255) gAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGta > 1:3412489/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |