| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,019,747 | T→C | 5.2% | intergenic (+69/+44) | USA300HOU_RS05030 → / ← ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,019,747 | 0 | T | C | 5.2% | 829.6 / 24.4 | 253 | intergenic (+69/+44) | USA300HOU_RS05030/ltaA | Putative phosphoesterase/putative glycolipid permease LtaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/126); new base C (4/9); total (118/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
TGAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATAAAAATGACCATTTTCTTTATTTTAAAATACGTTTTAACCTTACTTAGCTTTTTCTCTATTTACTATAAAGTAGCTTCCATAAAATA > USA300TCH1516_ALE/1019657‑1019837 | gAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGta > 1:3754064/1‑91 (MQ=255) gAAACGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGta > 2:23235/1‑91 (MQ=255) aaaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaa < 2:63692/91‑1 (MQ=255) aaaCGTTTAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGtaa < 1:902665/91‑1 (MQ=255) tttAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAATaaaa < 1:2309738/91‑1 (MQ=255) tAAATTAGCTTAAGTAACATAATAGTATTGTTAATCGTAGTATGTTTGAATTAATAAGAAAATGGTCATTTTTATTGAATGTAGTAAAAAt > 2:3502890/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |