| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,049,714 | A→C | 5.4% | M458L (ATG→CTG) | menD → | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,049,714 | 0 | A | C | 5.4% | 703.1 / 27.6 | 205 | M458L (ATG→CTG) | menD | 2‑succinyl‑5‑enolpyruvyl‑6‑hydroxy‑3‑ cyclohexene‑1‑carboxylate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (112/82); new base C (3/8); total (115/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
GTGCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGGTTGT > USA300TCH1516_ALE/1049624‑1049804 | gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa > 1:1080908/1‑91 (MQ=255)gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa < 2:1121039/91‑1 (MQ=255)gtgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGa < 2:2799187/91‑1 (MQ=255) tgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGAt < 1:3645970/91‑1 (MQ=255) tgCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGAt < 1:1396040/91‑1 (MQ=255) cATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGa < 1:2417189/91‑1 (MQ=255) aaaCGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAata > 2:2279348/1‑91 (MQ=255) aaCGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAatat < 2:2848473/91‑1 (MQ=255) aCGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATAtt > 1:575809/1‑91 (MQ=255) aCGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATAtt < 2:273069/91‑1 (MQ=255) aCGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATAtt > 1:2990005/1‑91 (MQ=255) cGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCATCTGAATAtta < 1:2933747/91‑2 (MQ=255) cGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTg > 1:3288211/1‑91 (MQ=255) gAATATCATTATTGATAGGTGATTTCTCATTTTATCATGATATGAATGGACTAGTAATGTCAAAATTAAATAATATTCATCTGAATAttat < 1:3684960/91‑3 (MQ=255) gAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCATCTGAATAttat < 1:3531286/91‑3 (MQ=255) aaTAACATTAGTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGACTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCATCTGAATAttatt < 2:263351/91‑4 (MQ=255) aTAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGtat > 1:1757055/1‑91 (MQ=255) aTAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGtat > 2:304277/1‑91 (MQ=255) tAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGtatt > 1:2424917/1‑91 (MQ=255) aCATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGtattat > 1:717036/1‑91 (MQ=255) aCATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGtattat > 1:3440376/1‑91 (MQ=255) attattGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTg > 1:2743229/1‑91 (MQ=255) ttattGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGa < 2:729412/91‑1 (MQ=255) attGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGaac < 2:1126009/91‑1 (MQ=255) attGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGaac < 2:1811775/91‑1 (MQ=255) tGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGaacaa < 2:3187931/91‑1 (MQ=255) gATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGaacaac < 2:1500829/91‑1 (MQ=255) gATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGaacaac > 1:1025944/1‑91 (MQ=255) aTAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACg < 1:1567014/91‑1 (MQ=255) aTAGGTGATTTATCATGTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACg < 2:3771377/91‑1 (MQ=255) tAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGa > 1:477219/1‑91 (MQ=255) tAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGa > 1:3920678/1‑91 (MQ=255) aGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGAt > 1:2488847/1‑91 (MQ=255) gTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGAtgg < 1:1130115/91‑1 (MQ=255) gATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGAtggtg < 2:1688514/91‑1 (MQ=255) tttatcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGc > 2:1901927/1‑91 (MQ=255) ttatcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCg > 2:886755/1‑91 (MQ=255) ttatcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCg < 1:2017234/91‑1 (MQ=255) ttatcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCg > 1:2675342/1‑91 (MQ=255) tatcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCgg > 1:1883692/1‑91 (MQ=255) atcattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGt > 1:2220350/1‑91 (MQ=255) cattttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAt > 1:277479/1‑91 (MQ=255) attttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAtt > 2:3943687/1‑91 (MQ=255) attttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAtt > 1:3250225/1‑91 (MQ=255) ttttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAttt > 2:2059677/1‑91 (MQ=255) tttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAtttt > 1:1297385/1‑91 (MQ=255) ttatcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTAttttt > 1:1722255/1‑91 (MQ=255) atcatGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTc > 2:402924/1‑91 (MQ=255) atGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCata > 1:2555820/1‑91 (MQ=255) tGATATGTATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCatat < 1:1966578/91‑1 (MQ=255) gATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATAtt > 1:3008720/1‑91 (MQ=255) atatGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATAttt < 1:2173044/91‑1 (MQ=255) atatGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATAttt < 1:362051/91‑1 (MQ=255) tatGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTa < 1:1656850/91‑1 (MQ=255) tatGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATAATTa < 2:1002246/91‑1 (MQ=255) tGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTAcc < 1:1001232/91‑1 (MQ=255) aaTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTaaaac < 2:2960768/91‑5 (MQ=255) aaTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACcac < 2:3340300/91‑1 (MQ=255) aaTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAAGATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACcaa < 2:3465658/91‑2 (MQ=255) aTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACcaca > 2:3306538/1‑91 (MQ=255) aTGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACcaca > 2:913431/1‑91 (MQ=255) aCTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAAAGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCAcaacaa > 2:1340790/1‑91 (MQ=255) cTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAaaag > 1:878077/1‑91 (MQ=255) cTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAaaag < 2:3129209/91‑1 (MQ=255) cTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAaaag > 1:1353374/1‑91 (MQ=255) cTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTATATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAaaag < 1:2273512/91‑1 (MQ=255) ttAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAaaagaaa > 1:3182625/1‑91 (MQ=255) aaTGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGt > 2:1491616/1‑91 (MQ=255) aaTGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGt < 2:2427566/91‑1 (MQ=255) tGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGc > 2:3483942/1‑91 (MQ=255) tGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGc < 1:3727336/91‑1 (MQ=255) gTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCa > 2:1458989/1‑91 (MQ=255) cAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAAc > 2:3692889/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTg > 2:1228611/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTg > 2:258708/1‑91 (MQ=255) aaaTTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTg < 2:1952219/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATAATAAACAAAAAAAGAAAGTGCAACTGAc < 2:1476858/91‑1 (MQ=255) ttAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACt < 2:3390015/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAt < 1:1507827/91‑1 (MQ=255) aataatATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtt > 2:248020/1‑91 (MQ=255) aataatATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtt > 2:632880/1‑91 (MQ=255) aataatATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtt > 1:2598908/1‑91 (MQ=255) aataatATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtt > 1:2244065/1‑91 (MQ=255) ataataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAttt < 2:2917233/91‑1 (MQ=255) ataataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAttt > 2:841296/1‑91 (MQ=255) taataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCTTATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtttt > 2:1424355/1‑91 (MQ=255) taataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtttt > 2:3320182/1‑91 (MQ=255) taataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtttt < 2:447985/91‑1 (MQ=255) caataTTCATCTGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtttt > 1:1845497/2‑91 (MQ=255) caataTTCATCTGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTAtttt > 1:2338926/2‑91 (MQ=255) aataTTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTg > 1:3468452/1‑91 (MQ=255) atatTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTCTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCCACTGACTATTTTGa > 2:64966/1‑91 (MQ=255) tatTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGaa < 1:1604546/91‑1 (MQ=255) ttCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACg < 2:1656885/91‑1 (MQ=255) ttCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACg < 1:2995099/91‑1 (MQ=255) ttCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACg < 2:2705727/91‑1 (MQ=255) tCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACgg < 1:2910908/91‑1 (MQ=255) cAGATGATTATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCTTATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGgt > 2:1875456/1‑91 (MQ=255) aGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGgtt > 1:1471684/1‑91 (MQ=255) aTGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGgttgt < 1:1189773/91‑1 (MQ=255) | GTGCATAAACGAATAACATTATTGATAGGTGATTTATCATTTTATCATGATATGAATGGACTATTAATGTCAAAATTAAATAATATTCAGATGAATATTGTATTATTGAACAACGATGGTGGCGGTATTTTTTCATATTTACCACAAAAAGAAAGTGCAACTGACTATTTTGAACGGTTGT > USA300TCH1516_ALE/1049624‑1049804 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |