| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,096,997 | T→C | 5.4% | V264A (GTA→GCA) | ythB → | Putative cytochrome bd menaquinol oxidase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,096,997 | 0 | T | C | 5.4% | 717.6 / 20.6 | 220 | V264A (GTA→GCA) | ythB | Putative cytochrome bd menaquinol oxidase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (103/104); new base C (5/7); total (108/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
ACTATTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGCCATACCTTTTATATCCGTTTGTAAAAATTACAGA > USA300TCH1516_ALE/1096907‑1097087 | aCTATTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGt > 2:2076512/1‑91 (MQ=255) cTATTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTa < 1:2908248/91‑1 (MQ=255) cTATTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTa > 1:3821755/1‑91 (MQ=255) tATTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTAt > 1:2839063/1‑91 (MQ=255) aTTGGTGGATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTAtt > 1:2562178/1‑91 (MQ=255) tggtggATGTTTGGTATAAGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTg < 1:146429/91‑1 (MQ=255) 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tataAGTTTCTTATTCTTTGAATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAatg < 1:252786/91‑1 (MQ=255) aaGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAatgatg < 2:2582911/91‑1 (MQ=255) aGTTTCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGt < 2:3084183/91‑1 (MQ=255) tCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTcgc < 1:1565190/91‑1 (MQ=255) tCTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTcgc > 2:703118/1‑91 (MQ=255) cTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTcgcg < 1:645838/91‑1 (MQ=255) cTTATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTcgcg < 2:1179835/91‑1 (MQ=255) ttATTCTTTGCATTAGCTTCATTGTTAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGt < 1:1295527/91‑1 (MQ=255) 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tAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAAtt > 1:1898825/1‑91 (MQ=255) tAACATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAAtt > 1:3486960/1‑91 (MQ=255) aCATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGc < 2:2212063/91‑1 (MQ=255) aCATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGc < 1:2530523/91‑1 (MQ=255) cATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGcc < 2:3248176/91‑1 (MQ=255) cATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGcc < 1:3302995/91‑1 (MQ=255) cATTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGcc < 2:1955970/91‑1 (MQ=255) aTTCTTTAAGAAAAAACATGGTTTGGCTTTTGTATTTGTTATTTTACAAATGATGTTCGCGTTCTTTGGCTATGGAATTAGTAAATTGCCa < 2:2872654/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |