| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,107,402 | T→C | 11.0% | intergenic (+37/‑131) | pdhD → / → USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,107,402 | 0 | T | C | 11.0% | 642.6 / 55.2 | 228 | intergenic (+37/‑131) | pdhD/USA300HOU_RS05475 | Dihydrolipoyl dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/102); new base C (8/17); total (109/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
ATGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCATATGCTACGGCTTTTTTGTTTTAGGTAAAGTAATGTAAGGAAATTGATTTGAGATATCGTTAACATGTGACATGCATGTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1107312‑1107492 | aTGACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCt > 1:1052493/1‑91 (MQ=255) gACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGt < 1:2787609/91‑1 (MQ=255) gACTATGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGt > 1:504079/1‑91 (MQ=255) aTGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCa > 2:2109056/1‑91 (MQ=255) aTGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCa < 2:1747813/91‑1 (MQ=255) tGGAAGCAGCAGAAAAAGCTATCGGATACCCAATCCATACAATGTAATAACTGATTATCTATAAAGATTCAGTCATTAAAAGCTGTAGCat < 1:1236289/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |