Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,128,680 | T→A | 9.3% | Y286N (TAT→AAT) | ctaB2 → | Protoheme IX farnesyltransferase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,128,680 | 0 | T | A | 9.3% | 738.9 / 53.9 | 237 | Y286N (TAT→AAT) | ctaB2 | Protoheme IX farnesyltransferase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/96); new base A (14/8); total (132/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.06e-01 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TTAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAATTATTTAGTGATCTTTTTCGTGTTAGCTGTGATTGTTTCATTACTTACTTTGATCTAGATTAATTAAGTTAGGATGAAAAATATGGGCGTTC > USA300TCH1516_ALE/1128590‑1128770 | tAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAatta < 2:966304/91‑1 (MQ=255) tAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAatta > 2:740540/1‑91 (MQ=255) tAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAatta < 1:2880422/91‑1 (MQ=255) tAGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAatta < 2:3070117/91‑1 (MQ=255) aGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattat > 2:2546921/1‑91 (MQ=255) aGGATGGATTGCATTAGGTTTAACAACATTTAAGAAAAATTCAGATCAAACAAAATGGGCAACACAAATGTTTATATATTCACTAAattat < 1:3724810/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |