| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,205,880 | A→T | 5.5% | T65S (ACA→TCA) | lspA → | Lipoprotein signal peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,205,880 | 0 | A | T | 5.5% | 909.6 / 24.2 | 266 | T65S (ACA→TCA) | lspA | Lipoprotein signal peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (138/113); new base T (13/2); total (151/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GGAGATTCATTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCAATATAATTTGTTTATGCAAGTTG > USA300TCH1516_ALE/1205790‑1205970 | ggAGATTCATTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGa > 1:28452/1‑91 (MQ=255) agaTTCATTTGACGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACa < 2:3294866/91‑1 (MQ=255) agaTTCATTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACa < 2:2459056/91‑1 (MQ=255) agaTTCATTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACa > 1:840777/1‑91 (MQ=255) ttCATTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACAttt < 1:1023778/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTc > 1:1592624/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTc > 1:604768/1‑91 (MQ=255) aTTTGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTc > 1:2181138/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCt < 1:592590/91‑1 (MQ=255) aaGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTttat > 2:850526/1‑91 (MQ=255) aGTGATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTttatt > 1:3102550/1‑91 (MQ=255) gATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTttattatt < 2:2257940/91‑1 (MQ=255) gATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTttattatt < 1:3444833/91‑1 (MQ=255) gATACCGCACTTTTTAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTttattatt > 1:852325/1‑91 (MQ=255) 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tttttCAACTTAACCTCACATCGAAATTATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTATCTTTATTATCACCAttatta < 2:812044/91‑1 (MQ=255) tttttAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCAttatta > 1:317722/1‑91 (MQ=255) tttttAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCAttatta > 2:963208/1‑91 (MQ=255) ttttAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATtattat < 1:1991294/91‑1 (MQ=255) tttAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATtattata > 2:3513490/1‑91 (MQ=255) tAAACATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATtattatatt > 2:2638828/1‑91 (MQ=255) aaaCATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATtattatatta > 2:1741917/1‑91 (MQ=255) aaaCATAACATCACATCGAAATAATGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATtattatatta > 1:3808626/1‑91 (MQ=255) 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tGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTttatt < 2:126590/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTttatt < 2:1205333/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTttatt < 1:2353148/91‑1 (MQ=255) tGGTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTttatt > 2:899491/1‑91 (MQ=255) gTGCTGCA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTaa > 1:827733/1‑91 (MQ=255) tgctgcA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTaaa < 2:2020660/91‑1 (MQ=255) gctgcA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACGATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAg < 2:3663272/91‑1 (MQ=255) gcA‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATg > 1:3479695/1‑91 (MQ=255) a‑TGGGGAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCATTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCt < 2:3824787/91‑1 (MQ=255) ggggAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCa < 1:3693077/91‑1 (MQ=255) ggggAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTA‑CATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCaa < 2:533602/91‑1 (MQ=255) gggAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCaa < 1:1127169/91‑1 (MQ=255) gAATATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCAata > 1:477673/1‑91 (MQ=255) aaTATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCAatat < 2:2380986/91‑1 (MQ=255) aaTATTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCAatat > 2:3111505/1‑91 (MQ=255) atatTGAGTGGAAAAATGACATTTTTCTTTATTATTACCATTATTATATTAATAGCCTTAGTATATTTCTTTATTAAAGATGCTCAAtata > 1:2209519/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |