| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 41,171 | T→C | 14.1% | intergenic (‑38/‑62) | pbp ← / → mecR1 | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein/Methicillin resistance mecR1 protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 41,171 | 0 | T | C | 14.1% | 891.5 / 119.0 | 349 | intergenic (‑38/‑62) | pbp/mecR1 | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein/Methicillin resistance mecR1 protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (178/121); new base C (35/14); total (214/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
AACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTAT > USA300TCH1516_ALE/41081‑41261 | aaCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTTTCATCAATATGCTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTatat < 1:2647675/91‑1 (MQ=255) aCCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATAtt > 2:29372/1‑91 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTa < 2:285117/91‑1 (MQ=255) cccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTa < 1:2245233/91‑1 (MQ=255) ccGACCGCTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTGTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAATAtactac < 2:3642355/91‑1 (MQ=255) ccGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATC‑TTTATCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAATAtactac < 1:876080/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |