| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,245,330 | A→T | 6.8% | intergenic (+135/‑108) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,245,330 | 0 | A | T | 6.8% | 822.2 / 34.8 | 246 | intergenic (+135/‑108) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/116); new base T (2/15); total (115/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1245240‑1245420 | gacaattctccattggatgaccagtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTa > 1:1399342‑M2/30‑91 (MQ=255)ccAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTa > 1:3113696/1‑91 (MQ=255) cAATGGAGATTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGACACACTaa > 1:1979970/1‑91 (MQ=255) cAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTaa < 1:2407978/91‑1 (MQ=255) aaTGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAATCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAAt > 2:1552524/1‑91 (MQ=255) aaTGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAAt < 1:1385818/91‑1 (MQ=255) aaTGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAAt < 1:3283411/91‑1 (MQ=255) tctccattggatgacctagtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCaa > 1:213652‑M2/25‑91 (MQ=255) ggAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCaa > 1:646758/1‑91 (MQ=255) agaATTGTCTGACCTAGTGAACTTGGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAAGCAATa > 2:2986875/1‑91 (MQ=255) agaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATa < 2:1502162/91‑1 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa > 2:377739/1‑91 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa > 1:2580091/1‑91 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa > 1:1924844/1‑91 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa < 2:3610302/91‑1 (MQ=255) aTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAAt > 1:1267125/1‑91 (MQ=255) ttGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAAtt < 1:71103/91‑1 (MQ=255) gTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGa < 2:1710151/91‑1 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 2:1917246/1‑91 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 2:2614805/1‑91 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa < 2:2818779/91‑1 (MQ=255) tGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATaa > 1:1077950/1‑91 (MQ=255) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGAttag < 2:617854/91‑4 (MQ=38) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAg < 1:3464800/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 2:2642432/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAga > 2:1954128/1‑90 (MQ=255) cTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtgt < 2:356773/91‑1 (MQ=37) cTAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtgt < 2:2689773/91‑1 (MQ=37) tAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGtt < 2:3349189/91‑1 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGtgttcc > 2:571854‑M2/7‑89 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:1033630‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc < 2:1148622‑M2/85‑1 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:568664‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:2970382‑M2/7‑91 (MQ=255) caacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa < 2:2912267‑M2/87‑1 (MQ=255) aacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTtctta < 1:368223‑M2/88‑3 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa > 1:2872457‑M2/3‑91 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa > 1:1574300‑M2/3‑91 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTCCTaaa > 2:3209539‑M2/3‑91 (MQ=255) tttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAt > 1:2040410/1‑91 (MQ=255) ttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAtt > 1:203258/1‑91 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt > 2:1003227/1‑91 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt > 2:2328023/1‑91 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:765022/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:2811772/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:3871413/91‑1 (MQ=255) gggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACt > 1:1753830/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGt < 2:1080669/91‑1 (MQ=255) aTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttt > 1:3254332/1‑91 (MQ=255) aTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAGTTCTACTTGttt < 1:3033191/91‑1 (MQ=255) ttCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGACAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttt > 1:1131471/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt < 1:2713770/91‑1 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt < 2:2046405/91‑1 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttttt > 1:218583/1‑91 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttttt < 1:486904/91‑1 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTAGtttttt > 2:3528071/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 1:1144735/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 2:3346738/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa < 2:2600750/91‑1 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 2:3814175/1‑91 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 2:599285/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:1525359/91‑1 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:2932892/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:3865691/91‑1 (MQ=255) ccTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTa > 1:2331996/1‑91 (MQ=255) tAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaa < 1:3185303/91‑1 (MQ=255) aGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaaa < 2:1332315/91‑1 (MQ=255) aGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaaa > 1:2450692/1‑91 (MQ=255) gATAAGGTTGCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt < 1:3787368/91‑1 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:2995539/1‑91 (MQ=255) aTAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATg > 2:3817978/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 1:2841529/91‑1 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 1:3563445/1‑91 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTTTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTGTTTAGAATTTAAAATGGGaa < 2:241796/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 2:2478387/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:1685533/91‑1 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATACATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTGGAATTTAAAATGGGAAAata < 1:3236393/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata < 2:95115/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata < 2:2102186/91‑1 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag > 2:138248/1‑91 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg < 2:2239578/91‑1 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg > 1:2858776/1‑91 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGGTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg < 1:2506552/91‑1 (MQ=255) cTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGt > 2:2127458/1‑91 (MQ=255) cTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGt < 2:510150/91‑1 (MQ=255) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 1:185669/91‑1 (MQ=255) aGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtata < 2:3727134/91‑1 (MQ=255) aGAAACACTAATCAATAAAGTGATAAGTGTTTCGAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAGTGGGAAAATATAGTAGTCTATGtata < 2:455523/91‑1 (MQ=255) gAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg < 1:2158700/91‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc < 2:1279312/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:3955696/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 1:2714839/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:2659029/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTGCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:474018/91‑1 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:3627987/1‑91 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:38887/1‑91 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:1158934/1‑91 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:504187/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt > 2:821744/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt > 2:627278/1‑91 (MQ=255) | CCAATGGAGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1245240‑1245420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |