| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,245,337 | A→T | 7.4% | intergenic (+142/‑101) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,245,337 | 0 | A | T | 7.4% | 792.5 / 35.2 | 240 | intergenic (+142/‑101) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/116); new base T (4/14); total (110/130) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
AGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAG > USA300TCH1516_ALE/1245247‑1245427 | agaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATa < 2:1502162/91‑1 (MQ=255)agaATTGTCTGACCTAGTCAACTCTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATa > 2:2653948/1‑91 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa > 1:2580091/1‑91 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa > 2:377739/1‑91 (MQ=255) gaATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaa < 2:1723062/91‑1 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa < 2:3610302/91‑1 (MQ=255) aaTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATaaa > 1:1924844/1‑91 (MQ=255) aTTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAAt > 1:1267125/1‑91 (MQ=255) gTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGa < 2:1686608/91‑1 (MQ=255) cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 2:2614805/1‑91 (MQ=255) tGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATaa > 1:1077950/1‑91 (MQ=255) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGAttag < 2:617854/91‑4 (MQ=38) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAg < 1:3464800/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 2:2025242/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 2:2642432/91‑1 (MQ=38) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 2:472225/91‑1 (MQ=38) ccTAGTCAACGTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 2:1083205/91‑1 (MQ=37) cTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtgt < 2:356773/91‑1 (MQ=37) cTAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtgt < 2:2689773/91‑1 (MQ=37) tAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGtt < 2:3349189/91‑1 (MQ=255) agtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGttt < 2:1399215‑M2/84‑1 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGtgttcc > 2:571854‑M2/7‑89 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc < 2:1148622‑M2/85‑1 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:1033630‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:2970382‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:568664‑M2/7‑91 (MQ=255) caacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa > 1:269434‑M2/5‑91 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa > 1:2872457‑M2/3‑91 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTaaa > 1:359513‑M2/3‑91 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTCCTaaa > 2:3209539‑M2/3‑91 (MQ=255) tttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAt > 1:2040410/1‑91 (MQ=255) ttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAtt > 1:203258/1‑91 (MQ=255) ttGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAtt < 2:3732076/91‑1 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt > 2:1003227/1‑91 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:2814182/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:3871413/91‑1 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:765022/91‑1 (MQ=255) gggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACt > 1:1753830/1‑91 (MQ=255) ggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACtt < 1:2909321/91‑1 (MQ=255) gAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTg > 1:3014965/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtt < 1:750035/91‑1 (MQ=255) aaTTCTAAGCAACCAAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtt < 1:2995422/91‑1 (MQ=255) aTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttt > 1:3254332/1‑91 (MQ=255) ttCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttt > 2:1295093/1‑91 (MQ=255) ttCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGACAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttt > 1:1131471/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 1:1549632/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 2:309200/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 1:2462438/1‑91 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttttt < 1:486904/91‑1 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTAGtttttt > 2:3528071/1‑91 (MQ=255) aaGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAg > 2:2873652/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 1:1144735/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 2:3346738/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa < 2:2600750/91‑1 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 2:3814175/1‑91 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 2:599285/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:3865691/91‑1 (MQ=255) aCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAttt < 1:2505962/91‑1 (MQ=255) cTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaa < 2:296031/91‑1 (MQ=255) aGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaaa < 2:1332315/91‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt < 1:3787368/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATg > 2:3817978/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 1:2841529/91‑1 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTGCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 2:501000/91‑1 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 1:3095426/1‑91 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 2:2246307/1‑91 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 2:2134940/1‑91 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaa > 1:2307693/1‑91 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:1685533/91‑1 (MQ=255) tCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAat > 2:2067767/1‑91 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATACATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTGGAATTTAAAATGGGAAAata < 1:3236393/91‑1 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAata > 1:151041/1‑91 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTCTTAGAATTTAAAATGGGAAAata > 2:2551831/1‑91 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCATAAGAAACACTAATCAATATATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAata < 1:3236113/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata < 2:95115/91‑1 (MQ=255) ttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATagtagt < 1:1865465/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 1:526133/91‑1 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTTAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt < 1:687118/91‑1 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg > 1:2858776/1‑91 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg < 2:2123387/91‑1 (MQ=255) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 1:2024883/91‑1 (MQ=255) aaGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtat < 1:410083/91‑1 (MQ=255) gAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg < 1:2158740/91‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc < 1:375037/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:1943438/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 1:2714839/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:3955696/91‑1 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:3627987/1‑91 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt < 2:2402670/91‑1 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAAGCAt < 2:443106/91‑1 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt < 2:2457448/91‑1 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:1158934/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttt > 2:821744/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt > 2:627278/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt < 1:2338618/91‑1 (MQ=255) aTCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGACAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTa > 2:2800382/1‑91 (MQ=39) tCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTaa > 1:2954117/1‑91 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 1:1438259/1‑91 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 1:2080013/1‑91 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTATACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 2:2241458/1‑91 (MQ=255) | AGAATTGTCTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAG > USA300TCH1516_ALE/1245247‑1245427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |