| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,245,345 | A→T | 6.4% | intergenic (+150/‑93) | fabG → / → acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,245,345 | 0 | A | T | 6.4% | 861.6 / 32.8 | 251 | intergenic (+150/‑93) | fabG/acpP | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] reductase FabG/Acyl carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (111/123); new base T (7/9); total (119/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
CTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATCG > USA300TCH1516_ALE/1245255‑1245435 | cTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATa > 2:1917246/1‑91 (MQ=255) gACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAg < 1:3464800/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgt < 2:2642433/91‑1 (MQ=38) aCCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAga > 2:1954128/1‑90 (MQ=255) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtg < 2:472225/91‑1 (MQ=38) ccTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAgtg > 2:803243/1‑91 (MQ=255) cTAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTTATCAATTTATTGATTAgtgt < 2:2689773/91‑1 (MQ=37) tAGTCAACTGTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGtt < 2:3349189/91‑1 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:1033630‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 1:2970382‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc > 2:263349‑M2/7‑91 (MQ=255) gtcaacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTc < 2:1148622‑M2/85‑1 (MQ=255) caacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa < 2:2912267‑M2/87‑1 (MQ=255) caacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTa > 1:269434‑M2/5‑91 (MQ=255) caacTTTGCGGGAGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATCTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATCAGTGTTTCTa > 2:829124‑M2/5‑91 (MQ=255) aacTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTtctta < 1:368223‑M2/88‑3 (MQ=255) acTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGAGTTTCTaaa > 1:2872264‑M2/3‑91 (MQ=255) tGCGGGGGAAAGTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAAttt < 1:109203/91‑1 (MQ=255) gCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTc < 1:2040255/91‑1 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt < 1:1839173/91‑1 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt > 2:1003227/1‑91 (MQ=255) cGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCt > 2:2328023/1‑91 (MQ=255) ggggAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTAc < 2:2814182/91‑1 (MQ=255) gAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTg > 1:3014965/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGt < 2:1080669/91‑1 (MQ=255) ttCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGCAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttt > 1:1131602/1‑91 (MQ=255) ttCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttt > 2:1295093/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAACAATTCTACTTGttttt > 2:610291/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 2:309200/1‑91 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt < 2:2046405/91‑1 (MQ=255) tCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGttttt > 1:2462438/1‑91 (MQ=255) cTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGtttttt < 1:486904/91‑1 (MQ=255) tAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTa < 1:1157763/91‑1 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTCCTTGTTTTTTAGa > 2:20248/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 2:3346738/1‑91 (MQ=255) aGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGa > 1:3249660/1‑91 (MQ=255) gCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGaa < 1:1525359/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:3865691/91‑1 (MQ=255) cAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAt < 1:2072983/91‑1 (MQ=255) aaCCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAAtt > 2:3786481/1‑91 (MQ=255) tAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaa < 1:3185303/91‑1 (MQ=255) tAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaa > 2:3869599/1‑91 (MQ=255) aGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaaa > 1:2450692/1‑91 (MQ=255) aGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTaaaa < 2:1332315/91‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt < 1:3787254/91‑1 (MQ=255) gATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAAt > 1:2995360/1‑91 (MQ=255) aTAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATg > 2:3817978/1‑91 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 2:3550961/91‑1 (MQ=255) aaGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTGCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATggg < 2:501000/91‑1 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 1:3563445/1‑91 (MQ=255) aGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGa > 2:410861/1‑91 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTTTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTGTTTAGAATTTAAAATGGGaa < 2:241796/91‑1 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaa < 2:3600508/91‑1 (MQ=255) ggTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaa > 1:2307693/1‑91 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:1453382/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:2895335/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 2:2478387/91‑1 (MQ=255) ttCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGaaaa < 1:1685533/91‑1 (MQ=255) ccAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATACATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTGGAATTTAAAATGGGAAAata < 1:3236393/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata < 2:95115/91‑1 (MQ=255) aGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAAtata > 1:2848819/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagt < 1:582424/91‑1 (MQ=255) aTTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagta > 2:212310/1‑91 (MQ=255) tttCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATAtagtag > 2:138248/1‑91 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 2:1467510/91‑1 (MQ=255) tctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTc < 2:280945/91‑1 (MQ=255) ctcCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGGTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCt < 2:511368/91‑1 (MQ=255) cccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTAt > 2:579296/1‑91 (MQ=255) ccTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGGTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATg < 1:2506552/91‑1 (MQ=255) cTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGt > 2:2127458/1‑91 (MQ=255) tAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGta < 1:2024883/91‑1 (MQ=255) aGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGtata < 1:361432/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTATCAATTTATTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg > 2:3526619/1‑91 (MQ=37) gAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAg < 1:2158700/91‑1 (MQ=255) aaCACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGc > 2:2608285/1‑91 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 2:3955696/91‑1 (MQ=255) acacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCa < 1:2714839/91‑1 (MQ=255) cacTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAt > 1:38887/1‑91 (MQ=255) acTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtt > 1:504187/1‑91 (MQ=255) tAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAtttt > 1:2277566/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCAttttt > 2:627278/1‑91 (MQ=255) aTCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGTATTTTTa > 1:1960002/1‑91 (MQ=255) tCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTaa > 1:2944788/1‑91 (MQ=255) tttaTTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 2:2193778/4‑91 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga < 2:2575569/91‑1 (MQ=255) tAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAagga > 2:2241630/1‑91 (MQ=255) taTTGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAaggagg > 2:3708357/2‑91 (MQ=255) aaTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAaggagg < 1:1658525/91‑1 (MQ=255) aaTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAaggagg > 1:116246/1‑91 (MQ=255) aTTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGt < 1:705504/91‑1 (MQ=255) ttGATTAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTg > 1:3073777/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTg > 2:1686667/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTg > 1:281288/1‑91 (MQ=255) tGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGa < 2:3323375/91‑1 (MQ=255) tGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGa < 2:736882/91‑1 (MQ=255) tGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGa > 1:1396217/1‑91 (MQ=255) tGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGa < 1:1067075/91‑1 (MQ=255) aTAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAAt > 2:794852/1‑91 (MQ=255) tAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATc > 1:87787/1‑91 (MQ=255) aaGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATCg > 2:2523284/1‑91 (MQ=255) | CTGACCTAGTCAACTTTGCGGGGGAAATTCTAAGCAACCTAGATAAGGTTCCAGAATTTCTCCCTAAGAAACACTAATCAATAAATTGATAAGTGTTTCTAAAATTTCTACTTGTTTTTTAGAATTTAAAATGGGAAAATATAGTAGTCTATGTATAGGCATTTTTAAAGGAGGTGAATCG > USA300TCH1516_ALE/1245255‑1245435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |