Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,255,820 | C→T | 5.4% | intergenic (+36/+208) | rplS → / ← USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,255,820 | 0 | C | T | 5.4% | 739.2 / 18.7 | 222 | intergenic (+36/+208) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (112/97); new base T (10/2); total (122/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.00e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.19e-01 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
ATATTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGACTCAAACAATAAAGCCATCTAGGTCACTTTTATGGAGTGATATAGATGGCTTTTTTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTA > USA300TCH1516_ALE/1255730‑1255910 | atatTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTc > 2:350909/1‑91 (MQ=255) tatTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCg > 2:2732464/1‑91 (MQ=255) tatTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCg < 1:2152859/91‑1 (MQ=255) tatTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCg < 2:505937/91‑1 (MQ=255) atTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGa > 1:1145434/1‑91 (MQ=255) atTACTTACGTAGTTTACGTGGTAAAGCTGCTAGAATCCAAGAAATTCGTTAATCAGCATTTAAACAAAGCTATGTATGAGTCAAATTCGa > 1:1543341/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |