| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,313,113 | A→T | 10.7% | intergenic (+17/+280) | rny_1 → / ← USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,313,113 | 0 | A | T | 10.7% | 634.6 / 61.1 | 216 | intergenic (+17/+280) | rny_1/USA300HOU_RS06485 | Ribonuclease Y/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (106/86); new base T (3/20); total (109/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ATGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACAAATTAGTGAGGGAGCTTTTTTAAGTTGTAGTCTTAATCTAGTTAGACAGCACTTTATCGGTAATAACTATATTAAACAGTAGTTATTTG > USA300TCH1516_ALE/1313023‑1313202 | aTGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTcaca < 2:1772636/91‑1 (MQ=255)aTGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTcaca < 2:1772465/91‑1 (MQ=255) tGAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACaa < 1:3660922/91‑1 (MQ=255) gAATTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACaaa < 1:3868046/91‑1 (MQ=255) aagtACAAGATCCTGGTCATATCAAGGGGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGGAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAAt < 2:3846359/88‑1 (MQ=255) aaTTACAATATCCTGGTCATATCAAGGTGACAGTTGTTCGAGAGACTAGAGCAGTAGAATATGCGAAATAATTTTTGTCTCCCTCACTAAt < 1:1170614/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |