| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 79,619 | T→A | 6.9% | intergenic (+228/‑32) | USA300HOU_RS00355 → / → cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 79,619 | 0 | T | A | 6.9% | 822.0 / 40.1 | 250 | intergenic (+228/‑32) | USA300HOU_RS00355/cmoB | hypothetical protein/tRNA U34 carboxymethyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (108/122); new base A (9/8); total (117/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
GACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGATTTGAATTAAGCGAGGAGAATGAAATGACTAAGACTTATGACGTTTGGTGGCAAAAAGGTCAAGAATCAGATGATGATATGGC > USA300TCH1516_ALE/79529‑79709 | gACCACAGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatt < 1:675202/91‑1 (MQ=255)gACCACAGCTTAATTCTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAACGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAatt > 1:3370723/1‑91 (MQ=255) cacaGCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAattatt < 1:1573066/91‑1 (MQ=255) gCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTGCTATTCAAAACGTAATTATTACGa > 2:3680444/1‑91 (MQ=255) gCTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGa < 2:2006326/91‑1 (MQ=255) cTTAATTTTTGGTGTTCATTCATGACTTTAAAAAATCCTTATTGCATAAATGTACATAGTGTAGTACTATTCAAAACGTAATTATTACGAt > 1:1368119/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |